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万見
- PDB-3hp9: Crystal structure of SSB/Exonuclease I in complex with inhibitor CFAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hp9
タイトルCrystal structure of SSB/Exonuclease I in complex with inhibitor CFAM
要素Exodeoxyribonuclease IエキソデオキシリボヌクレアーゼI
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / EXONUCLEASE (エキソヌクレアーゼ) / SSB / GENOME MAINTENANCE (ゲノム) / DNA DAMAGE (DNA修復) / DNA REPAIR (DNA修復) / NUCLEASE (ヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA修復 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. ...Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. / Exonuclease I (ExoI) C-terminal domain profile. / Oligoribonuclease / PX Domain / エキソヌクレアーゼ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Monooxygenase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CF1 / エキソデオキシリボヌクレアーゼI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Satyshur, K.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance
著者: Lu, D. / Bernstein, D.A. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3339
ポリマ－55,5111
非ポリマー8238
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.671, 91.939, 103.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease I / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / Exonuclease I / DNA deoxyribophosphodiesterase / dRPase


分子量: 55510.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2011, cpeA, JW1993, sbcB, xonA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04995, エキソデオキシリボヌクレアーゼI

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非ポリマー , 5種, 456分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CF1 / 2-{[2-chloro-5-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-5-methoxybenzoic acid


分子量: 345.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClF3NO3
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 mg/mL Protein, 18-27% PEG 4000, Saturated inhibitor in DMSO soaked 4-5 days, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 60104 / Num. obs: 60104 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 33.65
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 6139 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C95

3c95


解像度: 1.6→18.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.32 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23071 2936 5 %RANDOM
Rwork0.20557 ---
all0.20684 55230 --
obs0.20684 55230 87.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.23 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.264 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3676 0 48 448 4172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8411.9565371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5465487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83424.067209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59515642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5321531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4821.52339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91623807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51531590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5614.51547
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 205 -
Rwork0.246 4249 -
obs-4249 91.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8128-0.15840.30540.4369-0.05630.48710.00760.0406-0.0293-0.0124-0.006-0.01660.02860.0319-0.00160.0786-0.00610.00670.07060.00360.068327.594726.059523.0085
20.9874-0.2629-0.52420.87840.10070.94320.0277-0.00340.0942-0.0109-0.02120.0082-0.1062-0.0441-0.00650.0762-0.0041-0.00330.07370.00290.083332.842525.675646.1082
32.6249-0.49741.93891.7722-2.04674.1977-0.1284-0.11170.34940.20.0693-0.0095-0.4337-0.20860.05910.1039-0.00570.00620.1004-0.01240.10538.279631.952635.5607
40.46170.113-0.15741.04590.07990.7317-0.02430.0636-0.1247-0.03760.00070.07540.1072-0.09270.02370.08610.0099-0.00910.08110.0030.089429.75357.208543.033
51.1686-0.69321.28351.3953-0.88083.2384-0.02390.29740.3542-0.2348-0.06410.1311-0.4529-0.13830.08810.25460.0110.01660.35310.06490.37387.36372.049445.3674
60.45820.2199-0.20660.6705-0.07230.96540.0083-0.0582-0.04490.0526-0.02030.09730.0502-0.09160.0120.08980.01050.00060.07570.00070.104927.6817.143850.6918
73.344-1.48050.41182.7817-2.38873.80730.08850.2680.0383-0.2124-0.00210.34340.5357-0.5433-0.08640.1438-0.0909-0.01310.1968-0.04320.261315.6631-4.953343.5018
81.7098-0.1027-1.07210.97740.76192.4011-0.04890.0866-0.0751-0.02120.03660.02180.1141-0.00850.01230.0939-0.0076-0.0180.1113-0.01380.120317.510915.194311.3926
91.66420.30320.56791.0741-0.71051.6998-0.00920.1618-0.1394-0.1545-0.03880.01730.1175-0.01710.0480.095-0.0082-0.00350.1204-0.01140.09139.699822.66227.6342
101.22280.3961-0.02371.55090.35861.4383-0.00120.01550.0486-0.0037-0.03150.0649-0.1022-0.09010.03270.09280.02040.00620.09410.01080.10217.354642.01728.9273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2A134 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3A175 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5A272 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6A293 - 338
7X-RAY DIFFRACTION7A339 - 353
8X-RAY DIFFRACTION8A360 - 392
9X-RAY DIFFRACTION9A393 - 431
10X-RAY DIFFRACTION10A432 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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