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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hno | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase from Nitrosospira multiformis. Northeast Structural Genomics Consortium target id NmR42 | ||||||
要素 | Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase / diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase activity / 6-phosphofructokinase activity / fructose 6-phosphate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nitrosospira multiformis ATCC 25196 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Sahdev, S. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. ...Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Sahdev, S. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase from Nitrosospira multiformis. Northeast Structural Genomics Consortium target id NmR42 著者: Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Sahdev, S. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hno.cif.gz | 303.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hno.ent.gz | 248 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3hno_validation.pdf.gz | 460.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3hno_full_validation.pdf.gz | 492.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3hno_validation.xml.gz | 60.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3hno_validation.cif.gz | 83.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hno | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45112.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nitrosospira multiformis ATCC 25196 (バクテリア) 遺伝子: Nmul_A0740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2YB24, diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase #2: 化合物 | ChemComp-BR / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM KBr, 100mM na3citrate, pH 4.5, 18% Peg 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 271192 / Num. obs: 253147 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 31.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 12925 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→39.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 134698.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3511 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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