PDB-3hj4: Minor Editosome-Associated TUTase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hj4

タイトル

Minor Editosome-Associated TUTase 1

要素

Minor Editosome-Associated TUTase

キーワード

TRANSFERASE / TUTase / nucleotidyltransferase / trypanosoma / editosome / RNA editing / UTP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / nuclear lumen / ciliary plasm / DNA-templated transcription / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Stagno, J. / Luecke, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Mitochondrial Editosome-Like Complex Associated TUTase 1 Reveals Divergent Mechanisms of UTP Selection and Domain Organization.
著者: Stagno, J. / Aphasizheva, I. / Bruystens, J. / Luecke, H. / Aphasizhev, R.

履歴

登録	2009年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hj4.cif.gz	342.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hj4.ent.gz	280.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hj4_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hj4_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	3hj4_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	3hj4_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hiyC 3hj1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hiy-2 5mb2-d 3vnq-d 5ljn-d 7ahk-d 3l8c-1 2i06-d 3wy3-2 5ig2-3 5eom-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Minor Editosome-Associated TUTase

B: Minor Editosome-Associated TUTase

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Minor Editosome-Associated TUTase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Minor Editosome-Associated TUTase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.208, 102.027, 66.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 382
2	1	1	6	B	1 - 382

#1: タンパク質	Minor Editosome-Associated TUTase 分子量: 44821.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb927.1.1330 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q4GZ86
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 8 詳細: 0.2M lithium acetate, 25% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→99 Å / Num. obs: 108380 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 25.181
反射シェル	解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.531 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→31.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 3.811 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	5426	5 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.164	108165	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.29 Å²	0 Å²	2.09 Å²
2-	-	-1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→31.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6182	0	0	879	7061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6391
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.947	8651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	10789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.575	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.698	23.133	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.232	15	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.953	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.07	1.5	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.383	1.5	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.813	2	6248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.996	3	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.665	4.5	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.362	3	10856
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.066	3	879
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.077	3	10702

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5267 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.34	5
2	B	loose thermal	1.43	10

LS精密化シェル

解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	355	-
R_work	0.289	6883	-
obs	-	-	89.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3517	0.1744	-0.2527	0.6454	-0.3117	0.2841	0.0066	-0.0039	0.0274	0.04	0.0177	0.0465	-0.0244	-0.0068	-0.0242	0.0272	0.0034	-0.0164	0.028	-0.0036	0.019	60.213	14.2432	2.0128
2	0.3739	0.134	-0.222	0.2121	-0.0151	0.2465	0.0015	0.0123	-0.0245	-0.0097	-0.0048	-0.0071	0.0035	0.0084	0.0033	0.0218	0.0055	-0.0183	0.0311	-0.0024	0.0178	22.7551	38.8927	28.6486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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