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万見
- PDB-3hi4: Switching catalysis from hydrolysis to perhydrolysis in P. fluore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hi4
タイトルSwitching catalysis from hydrolysis to perhydrolysis in P. fluorescens esterase
要素Arylesterase
キーワードHYDROLASE / esterase / hydrolysis / perhydrolysis / Peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


arylesterase / 酸化還元酵素 / arylesterase activity / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Arylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Purpero, V.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Switching catalysis from hydrolysis to perhydrolysis in Pseudomonas fluorescens esterase.
著者: Yin, D.L.T. / Bernhardt, P. / Morley, K.L. / Jiang, Y. / Cheeseman, J.D. / Purpero, V. / Schrag, J.D. / Kazlauskas, R.J.
履歴
登録2009年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
D: Arylesterase
E: Arylesterase
F: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,78041
ポリマ－179,8676
非ポリマー2,91335
水18,6641036
1
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,37920
ポリマ－89,9343
非ポリマー1,44517
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27800 Å2
手法PISA
2
D: Arylesterase
E: Arylesterase
F: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,40121
ポリマ－89,9343
非ポリマー1,46718
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.490, 145.490, 129.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Arylesterase / Aryl-ester hydrolase / PFE / Putative bromoperoxidase


分子量: 29977.912 Da / 分子数: 6 / 変異: L29P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pJOE2792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P22862, arylesterase, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.75M ammonium sulfate 1% PEG 400, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.97 Å / Num. obs: 146673 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 37.652 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 7291 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC6.1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VA4

1va4


解像度: 2.25→39.97 Å / SU B: 3.939 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20158 7330 5 %RANDOM
Rwork0.16458 ---
obs0.16643 146673 99.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12708 0 185 1036 13929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.011
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.29 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 --
Rwork0.265 --
obs-7291 99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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