PDB-3hgw: Apo Structure of Pseudomonas aeruginosa Isochorismate-Pyruvate Ly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hgw

タイトル

Apo Structure of Pseudomonas aeruginosa Isochorismate-Pyruvate Lyase I87T mutant

要素

Salicylate biosynthesis protein pchB

キーワード

LYASE / siderophore biosynthesis / pyochelin / isochorismate-pyruvate lyase / chorismate mutase / PchB

機能・相同性

機能・相同性情報

pyochelin biosynthetic process / isochorismate lyase / carbon-oxygen lyase activity / isochorismate pyruvate lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Luo, Q. / Lamb, A.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure-function analyses of isochorismate-pyruvate lyase from Pseudomonas aeruginosa suggest differing catalytic mechanisms for the two pericyclic reactions of this bifunctional enzyme
著者: Luo, Q. / Olucha, J. / Lamb, A.L.

履歴

登録	2009年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hgw.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hgw.ent.gz	59.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hgw_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hgw_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	3hgw_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	3hgw_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hgxC 2h9dS 2h9c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nje-d 6a8k-d 1qjp-d 1r1q-3 7bpr-1 5y3s-1 4lkl-d 4x9v-d 2vga-d 4wda-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Salicylate biosynthesis protein pchB

D: Salicylate biosynthesis protein pchB

A: Salicylate biosynthesis protein pchB

B: Salicylate biosynthesis protein pchB

ヘテロ分子

45.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Salicylate biosynthesis protein pchB

D: Salicylate biosynthesis protein pchB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Salicylate biosynthesis protein pchB

B: Salicylate biosynthesis protein pchB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.503, 74.919, 88.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Salicylate biosynthesis protein pchB 分子量: 11435.011 Da / 分子数: 4 / 変異: I87T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pchB, PA4230 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q51507, Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-tris propane, pH 6.5, 0.14 M calcium chloride, 23% PEG 3350, and 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 113.15 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→100 Å / Num. obs: 17729 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Χ²: 0.884 / Net I/σ(I): 14.686

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.25-2.33	7	0.354	1726	0.868	98.5
2.33-2.42	7	0.28	1736	0.779	99.4
2.42-2.53	7	0.246	1745	0.852	99.1
2.53-2.67	7	0.209	1745	0.861	99.7
2.67-2.83	7.1	0.164	1747	0.943	99.5
2.83-3.05	7	0.14	1784	0.939	99.7
3.05-3.36	7	0.111	1751	0.946	99.9
3.36-3.85	7	0.076	1804	0.832	100
3.85-4.85	7	0.057	1811	0.863	100
4.85-100	6.6	0.045	1880	0.959	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H9D

2h9d

解像度: 2.25→23.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.908 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.241
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	900	5.1 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.221	17678	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.04 Å² / B_iso mean: 20.028 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→23.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2722	0	1	76	2799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.023	1.943	3761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.682	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.775	22.877	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.049	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.815	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.064	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.555	1.5	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.824	2	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.296	3	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.137	4.5	1094

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	63	-
R_work	0.22	1217	-
all	-	1280	-
obs	-	-	98.99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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