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- PDB-3hgn: Structure of porcine pancreatic elastase complexed with a potent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgn
タイトルStructure of porcine pancreatic elastase complexed with a potent peptidyl inhibitor FR130180 determined by neutron crystallography
要素Elastase-1
キーワードHYDROLASE / Chymotrypsin Family / Serine Protease / Disulfide bond / Metal-binding / Protease / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Chem-FRW / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tamada, T. / Kinoshita, T. / Kuroki, R. / Tada, T.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2009
タイトル: Combined High-Resolution Neutron and X-ray Analysis of Inhibited Elastase Confirms the Active-Site Oxyanion Hole but Rules against a Low-Barrier Hydrogen Bond
著者: Tamada, T. / Kinoshita, T. / Kurihara, K. / Adachi, M. / Ohhara, T. / Imai, K. / Kuroki, R. / Tada, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2007
タイトル: Crystallization of porcine pancreatic elastase and a preliminary neutron diffraction experiment
著者: Kinoshita, T. / Tamada, T. / Imai, K. / Kurihara, K. / Ohhara, T. / Tada, T. / Kuroki, R.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Data collection / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elastase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5794
ポリマ-25,9291
非ポリマー6503
3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.937, 57.464, 75.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Elastase-1


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Porcine Pancreatic / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-FRW / 4-[[(2S)-3-methyl-1-oxo-1-[(2S)-2-[[(3S)-1,1,1-trifluoro-4-methyl-2-oxo-pentan-3-yl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]butan-2-yl]carbamoyl]benzoic acid / 4-[[[(1S)-2-メチル-1-[[(2S)-2-[[[(1S)-3,3,3-トリフルオロ-2-オキソ-1-イソプ(以下略)


分子量: 513.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C24H30F3N3O6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / : D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.3M sodium sulphate, 0.05M D-substituted sodium acetate, pH5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
NUCLEAR REACTOR12.9
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
検出器
タイプID検出器日付
NEUTRON IMAGING PLATE1IMAGE PLATE2006年9月19日
ADSC QUANTUM 4r2CCD2008年5月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1ELASTICALLY-BENT PERFECT SI(111)SINGLE WAVELENGTHMneutron1
2TRIANGULAR SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.91
211
反射解像度: 1.65→42.17 Å / Num. obs: 24296 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 10.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2065 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化

R Free selection details: RANDOM / Isotropic thermal model: Isotropic / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: PDB ENTRY 3HGP

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / 詳細: perfomed by a joint refinement method using X-ray and neutron diffraction data from the same crystal

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU MLDiffraction-ID位相誤差Bsol2)ksol (e/Å3)
1.65-42.169NEUTRON DIFFRACTION15.30.21610.19640.19731127234864.886.30.21118.65200.6
1.201-45.655X-RAY DIFFRACTION0.16250.14870.14943374663195.0995.450.11214.9244.8010.402
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 42 190 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0264312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d3.0667277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.449926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.171290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.022831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6501-1.72520.30721140.31352336NEUTRON DIFFRACTION74
1.7252-1.81610.28421270.26792563NEUTRON DIFFRACTION80
1.8161-1.92990.24141220.22472654NEUTRON DIFFRACTION83
1.9299-2.07890.22561350.19392726NEUTRON DIFFRACTION85
2.0789-2.28810.18691340.17932839NEUTRON DIFFRACTION88
2.2881-2.61920.18771780.16862849NEUTRON DIFFRACTION89
2.6192-3.29970.20571540.17043072NEUTRON DIFFRACTION94
3.2997-42.18320.18721630.16233320NEUTRON DIFFRACTION97
1.201-1.21810.26621140.21772407X-RAY DIFFRACTION88
1.2181-1.23630.2371230.20982472X-RAY DIFFRACTION91
1.2363-1.25560.24311470.19842496X-RAY DIFFRACTION92
1.2556-1.27620.22151390.19562518X-RAY DIFFRACTION92
1.2762-1.29820.21931400.19012509X-RAY DIFFRACTION93
1.2982-1.32190.20761510.18472517X-RAY DIFFRACTION94
1.3219-1.34730.18441400.17642551X-RAY DIFFRACTION94
1.3473-1.37480.2051220.17132603X-RAY DIFFRACTION94
1.3748-1.40470.18191390.16352553X-RAY DIFFRACTION94
1.4047-1.43740.17131360.15782599X-RAY DIFFRACTION95
1.4374-1.47330.1681380.15692601X-RAY DIFFRACTION95
1.4733-1.51310.16681500.15132618X-RAY DIFFRACTION96
1.5131-1.55770.1751590.15212593X-RAY DIFFRACTION96
1.5577-1.60790.14141470.14622629X-RAY DIFFRACTION96
1.6079-1.66540.16731450.14022640X-RAY DIFFRACTION97
1.6654-1.73210.16291360.14452653X-RAY DIFFRACTION97
1.7321-1.81090.16761370.13972698X-RAY DIFFRACTION97
1.8109-1.90640.14561350.13522698X-RAY DIFFRACTION98
1.9064-2.02590.13921470.12932707X-RAY DIFFRACTION98
2.0259-2.18230.14211580.13322692X-RAY DIFFRACTION98
2.1823-2.40190.16311330.13162769X-RAY DIFFRACTION98
2.4019-2.74940.18111290.14322762X-RAY DIFFRACTION98
2.7494-3.46380.1481580.1492780X-RAY DIFFRACTION99
3.4638-45.68780.13241510.13412880X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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