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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hey | |||||||||
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タイトル | Cyclic residues in alpha/beta-peptide helix bundles: GCN4-pLI side chain sequence on an (alpha-alpha-beta) backbone with cyclic beta-residues at positions 1, 4, 10, 19 and 28 | |||||||||
要素 | alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and cyclic beta-residues at positions 1, 4, 10, 19 and 28 | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / helix bundle / foldamer / alpha/beta-peptide | |||||||||
機能・相同性 | ACETATE ION 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Horne, W.S. / Price, J.L. / Gellman, S.H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: Structural consequences of beta-amino acid preorganization in a self-assembling alpha/beta-peptide: fundamental studies of foldameric helix bundles. 著者: Price, J.L. / Horne, W.S. / Gellman, S.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hey.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hey.ent.gz | 19.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3hey_validation.pdf.gz | 436.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3hey_full_validation.pdf.gz | 439.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3hey_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3hey_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3hey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3hey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4056.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.3 M sodium acetate pH 4.6, 0.25 magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日 / 詳細: confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→23.48 Å / Num. obs: 2612 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.2 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 29.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 94.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3HEV 解像度: 2→23.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.317 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.569 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→23.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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