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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hev
タイトルCyclic residues in alpha/beta-peptide helix bundles: GCN4-pLI side chain sequence on an (alpha-alpha-beta) backbone with a cyclic beta-residue at position 19
要素alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19
キーワードDE NOVO PROTEIN / helix bundle / foldamer / alpha/beta-peptide
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Horne, W.S. / Price, J.L. / Gellman, S.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Structural consequences of beta-amino acid preorganization in a self-assembling alpha/beta-peptide: fundamental studies of foldameric helix bundles.
著者: Price, J.L. / Horne, W.S. / Gellman, S.H.
履歴
登録2009年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2081
ポリマ－4,2081
非ポリマー00
水68538
1
A: alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19

A: alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19

A: alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19

A: alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8324
ポリマ－16,8324
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area7150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.862, 38.862, 46.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-71-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 19


分子量: 4208.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10% v/v dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日 / 詳細: confocal mirrors
放射モノクロメーター: gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.64 Å / Num. obs: 2674 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.321

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C3G

3c3g


解像度: 2→23.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.302 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28532 121 4.5 %RANDOM
Rwork0.23602 ---
obs0.23813 2539 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.901 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å20 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----4.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数250 0 0 38 288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0852.227339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.43488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.241511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg52.556265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7781540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2650.219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3040.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.5165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1691.572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3752250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5913105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.164.588
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 10 -
Rwork0.32 187 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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