PDB-3hea: The L29P/L124I mutation of Pseudomonas fluorescens esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hea

タイトル

The L29P/L124I mutation of Pseudomonas fluorescens esterase

要素

Arylesterase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / esterase / covalent adduct / tetrahedral intermediate / Oxidoreductase / Peroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

arylesterase / 酸化還元酵素 / arylesterase activity / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kazlauskas, R.J. / Schrag, J.D. / Cheeseman, J.D. / Morley, K.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Switching catalysis from hydrolysis to perhydrolysis in Pseudomonas fluorescens esterase.
著者: Yin de, L.T. / Bernhardt, P. / Morley, K.L. / Jiang, Y. / Cheeseman, J.D. / Purpero, V. / Schrag, J.D. / Kazlauskas, R.J.

履歴

登録	2009年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hea.cif.gz	349.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hea.ent.gz	285.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hea_validation.pdf.gz	506.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hea_full_validation.pdf.gz	522.7 KB	表示
XML形式データ	3hea_validation.xml.gz	70.6 KB	表示
CIF形式データ	3hea_validation.cif.gz	96.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3hea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3hea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hi4C 1va4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hi4-1 3t4u-1 3ia2-2 3t52-2 3t52-1 3t4u-2 3ia2-1 1zoi-d 4ic5-d 1hkh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

D: Arylesterase

E: Arylesterase

F: Arylesterase

ヘテロ分子

184 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Arylesterase

E: Arylesterase

F: Arylesterase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.586, 145.586, 128.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

#1: タンパク質	Arylesterase / Aryl-ester hydrolase / PFE / Putative bromoperoxidase 分子量: 29977.912 Da / 分子数: 6 / 変異: L29P/L124I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P22862, arylesterase, 酸化還元酵素
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EEE / ETHYL ACETATE / 酢酸エチル分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1057 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE C1 CARBON OF EEE BECOMES SP3 RATHER THAN SP2 UPON REACTION WITH SER94. O1 BECOMES SINGLE BONDED ...THE C1 CARBON OF EEE BECOMES SP3 RATHER THAN SP2 UPON REACTION WITH SER94. O1 BECOMES SINGLE BONDED AND ACQUIRES A NEGATIVE CHARGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.7 M ammonium phosphate, 0.1 M Na,K phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月27日 / 詳細: double crystal monochrometer
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.1 Å / Num. all: 231042 / Num. obs: 231042 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.62 % / B_iso Wilson estimate: 23.2 Å² / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.54 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 22477 / R_sym value: 0.313 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
O		モデル構築
REFMAC	5.4.0069	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VA4

1va4

解像度: 1.9→48.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.664 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	11625	5 %	RANDOM
R_work	0.19001	-	-	-
obs	0.19113	219350	96.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.529 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	-0.51 Å²	0 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12888	0	250	1057	14195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	13448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.93	1.965	18275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.684	5	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.889	24.058	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.884	15	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.819	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	10271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.361	1.5	8159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.7	2	13140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.084	3	5289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.881	4.5	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1068	medium positional	0.1	0.5
B	1068	medium positional	0.1	0.5
C	1068	medium positional	0.09	0.5
D	1068	medium positional	0.07	0.5
E	1068	medium positional	0.11	0.5
F	1068	medium positional	0.15	0.5
A	983	loose positional	0.37	5
B	983	loose positional	0.3	5
C	983	loose positional	0.26	5
D	983	loose positional	0.27	5
E	983	loose positional	0.29	5
F	983	loose positional	0.32	5
A	1068	medium thermal	0.45	2
B	1068	medium thermal	0.62	2
C	1068	medium thermal	0.34	2
D	1068	medium thermal	0.29	2
E	1068	medium thermal	0.41	2
F	1068	medium thermal	0.42	2
A	983	loose thermal	0.46	10
B	983	loose thermal	0.6	10
C	983	loose thermal	0.37	10
D	983	loose thermal	0.35	10
E	983	loose thermal	0.47	10
F	983	loose thermal	0.45	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	829	-
R_work	0.289	15794	-
obs	-	-	93.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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