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- PDB-3hbw: Crystal Structure of Human Fibroblast Growth Factor Homologous Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hbw
タイトルCrystal Structure of Human Fibroblast Growth Factor Homologous Factor 2A (FHF2A), also referred to as Fibroblast Growth Factor 13A (FGF13A)
要素Fibroblast growth factor 13
キーワードHORMONE / beta-trefoil fold / Alternative splicing / Growth factor / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of neuroblast polarity / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / negative regulation of collateral sprouting / branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of microtubule depolymerization / inhibitory synapse assembly / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / cerebral cortex cell migration ...establishment of neuroblast polarity / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / negative regulation of collateral sprouting / branching morphogenesis of a nerve / negative regulation of microtubule depolymerization / inhibitory synapse assembly / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / cerebral cortex cell migration / microtubule polymerization / lateral plasma membrane / intercalated disc / sodium channel regulator activity / beta-tubulin binding / neurogenesis / protein localization to plasma membrane / learning / hippocampus development / filopodium / growth factor activity / sarcolemma / memory / neuron migration / nervous system development / cell-cell signaling / MAPK cascade / growth cone / microtubule binding / microtubule / transmembrane transporter binding / neuron projection / axon / dendrite / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mohammadi, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a fibroblast growth factor homologous factor (FHF) defines a conserved surface on FHFs for binding and modulation of voltage-gated sodium channels.
著者: Goetz, R. / Dover, K. / Laezza, F. / Shtraizent, N. / Huang, X. / Tchetchik, D. / Eliseenkova, A.V. / Xu, C.F. / Neubert, T.A. / Ornitz, D.M. / Goldfarb, M. / Mohammadi, M.
履歴
登録2009年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 13
B: Fibroblast growth factor 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6862
ポリマ－43,6862
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Fibroblast growth factor 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8431
ポリマ－21,8431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibroblast growth factor 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8431
ポリマ－21,8431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.218, 57.998, 52.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 13 / FGF-13 / Fibroblast growth factor homologous factor 2 / FHF-2


分子量: 21842.871 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FGF13, FHF2, fibroblast growth factor homologous factor 2 (FHF2)
プラスミド: pET30(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92913
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES-NaOH pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月26日
放射モノクロメーター: KOHZU DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 23482 / Num. obs: 23482 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 64.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / Num. unique all: 2119 / Rsym value: 0.202 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q1U

1q1u


解像度: 1.9→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 2272 -Random
Rwork0.2194 ---
all-23092 --
obs-23092 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.024 Å20 Å28.237 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----0.507 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 0 130 2490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.910.225400.2727X-RAY DIFFRACTION463100
1.91-1.930.318360.262X-RAY DIFFRACTION463100
1.93-1.940.296400.2537X-RAY DIFFRACTION417100
1.94-1.960.296390.2424X-RAY DIFFRACTION466100
1.96-1.980.222380.2228X-RAY DIFFRACTION416100
1.98-1.990.304430.2262X-RAY DIFFRACTION498100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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