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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q1u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human FHF1b (FGF12b) | ||||||
![]() | fibroblast growth factor homologous factor 1 | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / FGF-12 / Human / crystal structure / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of voltage-gated sodium channel activity / regulation of neuronal action potential / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / neuromuscular process / Phase 0 - rapid depolarisation / sodium channel regulator activity / JNK cascade ...regulation of voltage-gated sodium channel activity / regulation of neuronal action potential / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / neuromuscular process / Phase 0 - rapid depolarisation / sodium channel regulator activity / JNK cascade / adult locomotory behavior / growth factor activity / cell-cell signaling / nervous system development / heparin binding / heart development / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / synapse / signal transduction / extracellular space / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Olsen, S.K. / Garbi, M. / Zampieri, N. / Eliseenkova, A.V. / Ornitz, D.M. / Goldfarb, M. / Mohammadi, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fibroblast growth factor (FGF) homologous factors share structural but not functional homology with FGFs 著者: Olsen, S.K. / Garbi, M. / Zampieri, N. / Eliseenkova, A.V. / Ornitz, D.M. / Goldfarb, M. / Mohammadi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 377.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ihkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16365.646 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-144 / 変異: C144A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 400, 200mM ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920218 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 13559 / Num. obs: 13171 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 7.03 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible obs: 85 % / % possible all: 85 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 93909 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.365 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 1IHK 解像度: 1.7→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |