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- PDB-3ham: Structure of the gentamicin-APH(2")-IIa complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ham
タイトルStructure of the gentamicin-APH(2")-IIa complex
要素Aminoglycoside phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / aminoglycoside / gentamicin / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLL / Aminoglycoside phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Young, P.G. / Baker, E.N. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structures of substrate and nucleotide complexes of Enterococcus faecium aminoglycoside-2''-phosphotransferase-IIa [APH(2'')-IIa] provide insights into substrate selectivity ...タイトル: The crystal structures of substrate and nucleotide complexes of Enterococcus faecium aminoglycoside-2''-phosphotransferase-IIa [APH(2'')-IIa] provide insights into substrate selectivity in the APH(2'') subfamily.
著者: Young, P.G. / Walanj, R. / Lakshmi, V. / Byrnes, L.J. / Metcalf, P. / Baker, E.N. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A.
履歴
登録2009年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside phosphotransferase
B: Aminoglycoside phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0648
ポリマ－70,7962
非ポリマー1,2676
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.700, 58.800, 81.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside phosphotransferase


分子量: 35398.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: aph(2')-Ib / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EVD7
#2: 化合物 ChemComp-LLL / (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL / GENTAMICIN C1A / ゲンタマイシンC1a


分子量: 449.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H39N5O7
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: unbuffered 16% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal, LN cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→80.6 Å / Num. obs: 25799 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 21.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 25.75 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27103 1299 5 %RANDOM
Rwork0.21002 ---
obs0.21319 24499 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å20.29 Å2
2---3.12 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4978 0 86 238 5302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9826944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6945596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52925.072276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.26615968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9191526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.22565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.23532
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.53078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02424824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65632343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5174.52120
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 76 -
Rwork0.299 1688 -
obs--92.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.82481.75232.20055.25670.62249.5704-0.0487-0.0458-0.2645-0.9814-0.0293-0.0170.7803-0.11780.078-0.1373-0.098-0.07860.3329-0.001-0.291-11.021-5.07911.88
24.1053-0.6779-0.56593.28780.69263.9927-0.0142-0.77680.0996-0.0196-0.0973-0.0332-0.0057-0.48840.1115-0.47060.0008-0.03590.407-0.0196-0.4198-0.7847.25928.879
34.57220.3117-0.43272.67251.76925.84170.1845-0.173-1.0611-0.1397-0.2236-0.6910.5151-0.08060.0391-0.33720.06930.00520.29570.15020.069219.421-2.39520.144
42.93870.1129-2.86283.9496-0.14928.050.1312-0.05350.0664-0.15240.0532-0.787-0.1013-0.0109-0.1844-0.016-0.09440.03840.45160.09150.121550.96330.56710.744
56.3112-0.5259-0.30635.7686-0.41573.44790.17-0.9337-0.60520.1017-0.1738-0.8414-0.29130.63660.0038-0.4724-0.0836-0.16010.52810.1805-0.267240.39119.22528.292
64.6244-0.37530.44763.8687-0.29056.80150.22790.03270.4413-0.4324-0.36120.2367-0.77310.16670.1333-0.25440.0676-0.10740.3001-0.0195-0.310620.15128.3718.96
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 129
3X-RAY DIFFRACTION2A184 - 250
4X-RAY DIFFRACTION3A130 - 183
5X-RAY DIFFRACTION3A251 - 299
6X-RAY DIFFRACTION4B1 - 88
7X-RAY DIFFRACTION5B89 - 129
8X-RAY DIFFRACTION5B184 - 250
9X-RAY DIFFRACTION6B130 - 183
10X-RAY DIFFRACTION6B251 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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