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- PDB-3h7o: Crystal structure of scabies mite inactivated protease paralogue ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7o
タイトルCrystal structure of scabies mite inactivated protease paralogue S-I1 (SMIPP-S-I1)
要素Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04
類似検索 - 構成要素
生物種Sarcoptes scabiei type hominis (ひぜんだに)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Buckle, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural mechanisms of inactivation in scabies mite serine protease paralogues.
著者: Fischer, K. / Langendorf, C.G. / Irving, J.A. / Reynolds, S. / Willis, C. / Beckham, S. / Law, R.H. / Yang, S. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / McGowan, S. / Whisstock, J.C. / Pike, R.N. / ...著者: Fischer, K. / Langendorf, C.G. / Irving, J.A. / Reynolds, S. / Willis, C. / Beckham, S. / Law, R.H. / Yang, S. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / McGowan, S. / Whisstock, J.C. / Pike, R.N. / Kemp, D.J. / Buckle, A.M.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04
B: Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,28010
ポリマ－50,5272
非ポリマー7538
水5,819323
1
A: Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7326
ポリマ－25,2641
非ポリマー4685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5484
ポリマ－25,2641
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.415, 80.578, 114.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Group 3 allergen SMIPP-S Yv6023A04 / Scabies Mite Inactivated Protease Paralogue S-I1 / SMIPP-S-I1


分子量: 25263.623 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-256 / 変異: N111Q, N174Q, N218Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression and purification as described in Sun, J. et al. (1999) Expression and purification of recombinant human granzyme B from Pichia pastoris. Biochem Biophys Res Commun 261:251-255.
由来: (組換発現) Sarcoptes scabiei type hominis (ひぜんだに)
プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q6VPT6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% v/v PEG 8000, 10% v/v Glycerol, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 7.1 / 数: 139304 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / D res high: 1.85 Å / D res low: 65.938 Å / Num. obs: 34997 / % possible obs: 91.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.8557.3591.910.0550.0554.1
4.145.8594.510.0520.0524.4
3.384.1495.610.0490.0494.4
2.933.3896.410.0540.0544.4
2.622.9397.410.0690.0694.4
2.392.6297.810.0930.0934.4
2.212.3998.310.1210.1214.3
2.072.2198.410.160.164.2
1.952.0785.710.2020.2023.2
1.851.9572.210.3240.3242.5
反射解像度: 1.85→57.35 Å / Num. obs: 34997 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.115
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.952.50.3242.3992639700.32472.2
1.95-2.073.20.2023.71444444710.20285.7
2.07-2.214.20.164.42013247870.1698.4
2.21-2.394.30.1215.91958145240.12198.3
2.39-2.624.40.0937.81786940950.09397.8
2.62-2.934.40.069101634037380.06997.4
2.93-3.384.40.05411.31448232850.05496.4
3.38-4.144.40.04911.71213127590.04995.6
4.14-5.854.40.05211947021600.05294.5
5.85-57.354.10.0559.8492912080.05591.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.77 Å
Translation2.5 Å46.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.17データスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FI8

1fi8


解像度: 1.85→57.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 7.254 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / SU Rfree: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1747 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.187 34954 91.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.73 Å2 / Biso mean: 31.866 Å2 / Biso min: 18.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 44 323 3853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9961.9824913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8335450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7925144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.66515583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6821512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.76432258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47953667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33871351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.676101246
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 103 -
Rwork0.254 1841 -
all-1944 -
obs--69.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5937-0.2083-1.02640.78090.20492.04570.0617-0.0945-0.0054-0.0336-0.03260.0005-0.031-0.0849-0.0291-0.125-0.0005-0.017-0.1589-0.003-0.141732.8553.57421.732
21.5645-0.4270.55650.9594-0.35432.47710.01960.0157-0.1244-0.00610.01190.10710.1523-0.142-0.0316-0.1335-0.00340.0112-0.17580.0024-0.118116.94145.14655.013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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