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- PDB-3h6d: Structure of the mycobacterium tuberculosis DUTPase D28N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h6d
タイトルStructure of the mycobacterium tuberculosis DUTPase D28N mutant
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / jelly-roll / Nucleotide metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP metabolic process / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leveles, I. / Harmat, V. / Nagy, G. / Takacs, E. / Lopata, A. / Toth, J. / Vertessy, B.G.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Direct contacts between conserved motifs of different subunits provide major contribution to active site organization in human and mycobacterial dUTPases.
著者: Takacs, E. / Nagy, G. / Leveles, I. / Harmat, V. / Lopata, A. / Toth, J. / Vertessy, B.G.
履歴
登録2009年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7275
ポリマ－17,9911
非ポリマー7364
水1,60389
1
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,18115
ポリマ－53,9743
非ポリマー2,20712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.228, 55.228, 83.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

TRS

21A-203-

TRS

31A-193-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 17991.330 Da / 分子数: 1 / 変異: D28N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dut, MT2771, MTCY05A6.18c, Rv2697c / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P0A552, UniProt: P9WNS5*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: 1.45 M Ammonium sulphate, 50 mM Tris, 12% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97861
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 13348 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.39 % / Biso Wilson estimate: 26.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.58
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.54 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å19.16 Å
Translation3.5 Å19.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PY4

2py4


解像度: 1.8→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 5.508 / SU ML: 0.077 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARG 140 WAS ASSIGNED TO ELECTRON DENSITY BASED ON STRUCTURAL ALIGNMENT TO THE NATIVE ENZYME.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20733 688 5.2 %RANDOM
Rwork0.15765 ---
obs0.1602 12638 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20.36 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 0 45 89 1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7412.0311555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.59232523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2945151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50321.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63515166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3861513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1381.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.411.5299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86621183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0973398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9794.5368
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 54 -
Rwork0.229 930 -
obs--99.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89352.9882-2.825611.696-2.47624.8974-0.1145-0.1331-0.23020.1738-0.0584-0.59410.32280.22710.17290.07380.0445-0.04690.06470.02160.12836.21341.2947-26.2716
20.4063-0.1642-0.00190.5944-0.24890.2382-0.0249-0.00850.07060.03060.0083-0.0252-0.04120.02890.01650.0214-0.0064-0.00540.00920.00110.023727.1358-2.7374-0.1098
35.02732.8636-0.24262.3733-1.48442.458-0.18440.2844-0.1336-0.26730.2084-0.05290.2859-0.074-0.0240.0748-0.0201-0.02040.0806-0.01560.030912.9889-28.0427-14.8399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 133
3X-RAY DIFFRACTION2A200 - 201
4X-RAY DIFFRACTION3A140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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