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- PDB-3h4n: PpcD, A cytochrome c7 from Geobacter sulfurreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h4n
タイトルPpcD, A cytochrome c7 from Geobacter sulfurreducens
要素Cytochrome c7
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c7 / Multiheme cytochrome / Geobacter sulfurreducens
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur utilization / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Schiffer, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of a family of cytochromes c(7) involved in Fe(III) respiration by Geobacter sulfurreducens.
著者: Pokkuluri, P.R. / Londer, Y.Y. / Yang, X. / Duke, N.E. / Erickson, J. / Orshonsky, V. / Johnson, G. / Schiffer, M.
履歴
登録2009年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c7
B: Cytochrome c7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1698
ポリマ－15,4702
非ポリマー3,6996
水3,513195
1
A: Cytochrome c7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5844
ポリマ－7,7351
非ポリマー1,8493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5844
ポリマ－7,7351
非ポリマー1,8493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.400, 55.900, 94.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Two molecules per asymmetric unit; Monomer in solution based on size exclusion column chromatography and dynamic light scattering

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c7 / Cytochrome c3


分子量: 7734.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
遺伝子: cyd-4, GSU1024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JCB7123 / 参照: UniProt: Q74ED8
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Crystal obtained from Index screen-95 (30% PEG monomethylether 2000, 0.1 M potassium thiocyanate), pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.74041, 1.73818, 1.78832, 1.69077, 1.0332
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.740411
21.738181
31.788321
41.690771
51.03321
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. all: 60576 / Num. obs: 60576 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 42.1
反射 シェル解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 4902 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.697 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17256 3111 9.8 %RANDOM
Rwork0.14939 ---
obs0.15171 28548 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1005 0 258 195 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4132.511973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86532748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2325136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4280.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8911.5679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46221089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6963740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3624.5883
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.9821419
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.5722195
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.41321358
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.157 163
Rwork0.132 1630
obs-1630
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3495-0.2371-0.40050.55710.23460.57310.0046-0.060.01160.0193-0.00950.00230.00080.02960.00480.0183-0.0053-0.00450.00160.00210.0111.28713.41816.7204
21.22890.1301-0.12560.585-0.15620.2710.03530.10420.0324-0.014-0.01890.0007-0.004-0.041-0.01640.01520.0080.00390.01830.0060.00234.42145.307431.354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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