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- PDB-3h15: Crystal structure of replication initiation factor MCM10-ID bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h15
タイトルCrystal structure of replication initiation factor MCM10-ID bound to ssDNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • Protein MCM10 homolog
キーワードREPLICATION/DNA / OB-FOLD / ZINC FINGER / CCCH / DNA REPLICATION / ssDNA / DNA-binding / METAL-BINDING / NUCLEUS / ZINC-FINGER / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Replication factor Mcm10, C-terminal / : / : / Mcm10, C-terminal zinc binding motif / Mcm10, CCCH-type zinc motif / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / MCM10 OB-fold ...Replication factor Mcm10, C-terminal / : / : / Mcm10, C-terminal zinc binding motif / Mcm10, CCCH-type zinc motif / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / MCM10 OB-fold / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein MCM10 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Warren, E.M. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Physical Interactions between Mcm10, DNA, and DNA Polymerase {alpha}.
著者: Warren, E.M. / Huang, H. / Fanning, E. / Chazin, W.J. / Eichman, B.F.
履歴
登録2009年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MCM10 homolog
B: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1693
ポリマ－25,1032
非ポリマー651
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.017, 95.017, 61.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein MCM10 homolog


分子量: 22545.818 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 230-427, Zinc-finger domain, Internal Domain
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: mcm10 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q5EAW4
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 2557.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM TAPS pH 9.0, 17% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.97857
シンクロトロンNSLS X29A21
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年1月7日Be Lenses/Diamond Laue Mono
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年4月9日Si(111) Double Crystal monochrometer
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978571
211
反射解像度: 2.72→50 Å / Num. all: 8882 / Num. obs: 8222 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 73.5 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11.38
反射 シェル解像度: 2.72→2.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 51.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EBE

3ebe


解像度: 2.72→34.138 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 388 4.72 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.1991 8222 92.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 84.816 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→34.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1380 54 1 15 1450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-3.10650.31781050.27592233X-RAY DIFFRACTION80
3.1065-3.91290.28351420.19912780X-RAY DIFFRACTION100
3.9129-34.14030.19361410.17612821X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.306-1.0275-0.96980.81360.66610.88620.41140.3055-0.2104-1.0105-0.3220.0632-0.79420.0318-0.21110.7732-0.10370.06620.7137-0.25630.377438.093814.0571-12.5387
22.19470.19641.01422.2130.04030.97670.37090.4991-0.49780.12630.2156-1.06690.00720.794-0.50730.34690.0387-0.07260.33-0.10420.47842.44216.8317-5.8935
32.154-0.9096-0.59781.0239-1.04383.4440.039-0.0111-0.2570.14740.21350.1304-0.0454-0.0259-0.24220.18650.0742-0.04680.19920.01150.309530.808524.71725.2855
41.8291-0.2717-0.01123.08860.31922.16960.0813-0.38780.21980.09360.16240.2002-0.1285-0.04110.14440.12310.0649-0.00840.2894-0.12080.18634.267932.20852.0463
53.39150.4014-0.42951.4118-0.28740.046-0.07981.1121-0.1807-0.26930.1182-0.181-0.3485-0.2038-0.02960.46460.1003-0.15840.6299-0.16060.358822.212525.913-17.8934
65.14470.7658-5.47450.77660.43878.2020.7788-1.44811.58890.36540.47780.1779-1.85730.8093-1.39551.28830.59130.69951.159-0.25531.406331.414141.95318.8052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 230:241)A230 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 242:260)A242 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 261:300)A261 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 301:371)A301 - 371
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 372:500)A372 - 500
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 9:14)B9 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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