PDB-3gyp: Rtt106p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gyp

タイトル

Rtt106p

要素

Histone chaperone RTT106

キーワード

CHAPERONE / histone chaperone / Chromosomal protein / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Transposition

機能・相同性

機能・相同性情報

transposition / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / chromosome / chromatin organization / double-stranded DNA binding / histone binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.406 Å

データ登録者

Liu, Y. / Huang, H. / Shi, Y. / Teng, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of Rtt106p reveals a DNA-binding role required for heterochromatin silencing
著者: Liu, Y. / Huang, H. / Zhou, B.O. / Wang, S.S. / Hu, Y. / Li, X. / Liu, J. / Zang, J. / Niu, L. / Wu, J. / Zhou, J.Q. / Teng, M. / Shi, Y.

履歴

登録	2009年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	3gyoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n2z-1 1n4a-2 1n4a-1 1n2z-2 3ktm-5 4gn3-6 5xyf-d 3gyo-d 3jz9-d 5ygb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone chaperone RTT106

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.417, 54.006, 109.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histone chaperone RTT106 / Regulator of Ty1 transposition protein 106 分子量: 29807.162 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 65-320 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RTT106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40161
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.52 % / Mosaicity: 0.51 °
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 18%w/v PEG 4000, 100mM NaAc, 1%v/v jeffamine ED-2001, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å

検出器

日付: 2009年1月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 10353 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 0.78 / Net I/σ(I): 20.117

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.51	2.8	0.257	821	0.597	1	59.9
2.51-2.64	3.8	0.248	1130	0.584	1	82.4
2.64-2.81	5.5	0.214	1324	0.595	1	97.2
2.81-3.02	6.7	0.156	1365	0.632	1	100
3.02-3.32	7.1	0.101	1403	0.763	1	100
3.32-3.8	7.1	0.076	1389	0.837	1	100
3.8-4.78	7	0.063	1420	0.93	1	100
4.78-20	6.6	0.058	1501	0.964	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.406→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.264 / WR_factor R_work: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.775 / SU B: 20.169 / SU ML: 0.234 / SU R Cruickshank DPI: 0.455 / SU R_free: 0.295 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	490	4.8 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.221	10311	92.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.95 Å² / B_iso mean: 42.323 Å² / B_iso min: 24.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.406→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1743	0	5	53	1801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.97	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.996	5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.95	25.135	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.125	15	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.949	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.53	1.5	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.793	2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.417	3	703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.075	4.5	594

LS精密化シェル

解像度: 2.406→2.468 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.494	16	-
R_work	0.289	399	-
all	-	415	-
obs	-	-	50.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	74.0218	-40.3637	30.3162	43.7667	-24.8594	22.8081	0.9358	0.7887	-1.413	-3.1365	-0.3825	2.7089	1.298	-1.1665	-0.5532	-0.0127	-0.1173	-0.1139	0.1424	-0.0516	-0.1065	-30.0954	-0.0802	1.886
2	19.2257	2.6096	3.0462	6.2256	-0.1369	6.6405	-0.2818	0.0055	0.8968	-0.3265	0.167	0.1285	-0.0247	-0.223	0.1148	-0.0778	0.0114	-0.0023	-0.1778	-0.0251	-0.3078	-17.143	5.5796	5.5207
3	17.5994	-5.7835	-5.481	3.8981	-0.4824	4.3175	-0.2559	0.7024	0.0517	-0.3605	0.4276	0.1429	-0.0806	-0.2757	-0.1717	-0.0444	-0.0136	-0.0669	-0.0527	-0.0843	-0.2177	-20.4932	1.8728	5.5022
4	13.0363	0.1465	-1.4702	5.2555	0.5832	7.3461	-0.1453	0.5273	-0.5906	-0.1762	0.16	0.4077	0.6914	-0.7929	-0.0147	-0.1214	-0.0109	-0.1202	-0.15	-0.028	0.0273	-23.7461	-2.1171	8.1626
5	14.2637	5.9691	-0.8819	10.1582	-4.4074	2.1834	-0.3979	0.4544	-1.3255	-1.0707	0.1467	-0.4028	0.4481	-0.1255	0.2512	-0.1003	0.0039	-0.0834	-0.1136	-0.0533	0.1369	-19.078	-3.7566	8.2063
6	5.5037	1.0933	2.9979	5.8958	0.3373	2.0285	0.4168	-0.9136	0.002	0.1467	-0.4248	0.392	0.104	0.0224	0.008	-0.1086	0.023	-0.0496	-0.0214	0.0183	-0.1637	-14.47	5.5328	19.3097
7	8.0397	5.5495	1.3719	18.6318	-4.3334	5.2162	-0.2871	-0.0968	0.4826	-0.5092	-0.0158	-0.2552	-0.1691	0.1971	0.3028	-0.2156	0.0407	0.0036	-0.073	-0.0126	-0.1685	-9.5207	8.7028	13.6954
8	4.2233	1.0596	1.1839	2.2845	2.1425	2.019	0.0811	0.0246	0.2256	-0.5008	-0.2753	-0.0831	-0.0179	-0.1521	0.1942	-0.1486	0.0093	-0.0907	-0.0144	-0.0197	-0.1831	-16.3126	8.0182	9.1567
9	4.0294	3.2811	-2.4879	14.9243	-4.9014	6.5976	0.0082	-0.2177	0.8185	-0.3303	-0.1012	1.6029	-0.4392	-0.4687	0.093	-0.1397	0.1088	-0.1257	-0.0038	-0.1486	0.137	-22.9303	15.5707	13.6606
10	21.3884	-4.4405	-4.1449	6.7343	2.6531	6.4424	-0.0892	-0.1138	0.1016	0.4736	-0.1739	-0.213	-0.3148	0.208	0.2631	-0.1205	-0.0301	-0.0907	-0.1553	-0.0619	-0.0952	2.2664	12.793	22.3668
11	11.0681	-2.6034	0.141	5.8117	1.09	5.7302	0.1157	0.1275	0.5255	0.2024	-0.0899	-0.1805	-0.1763	0.3991	-0.0258	-0.1752	-0.0073	-0.0895	-0.1358	-0.0799	-0.1012	0.7987	10.2846	20.9932
12	10.3764	2.8825	3.0981	2.9316	0.7044	11.9656	-0.0453	0.255	-0.6537	0.337	0.2553	0.145	0.8425	-0.3241	-0.2099	-0.1253	0.0309	-0.0865	-0.166	-0.0369	-0.1149	-3.1908	6.3444	21.4444
13	5.7091	0.5591	-2.3395	6.1305	1.3181	39.7458	0.138	-0.6783	-0.7909	0.2155	-0.2317	0.4841	-0.3555	0.4738	0.0937	-0.0858	0.092	-0.1064	-0.2075	-0.024	0.0386	-2.4398	1.6067	25.6969
14	55.2926	41.8427	-9.1734	38.5651	-14.1094	8.9665	0.6334	-1.9269	-0.3323	0.1052	-1.5563	-1.0351	1.5835	0.8063	0.9229	0.2338	-0.0302	-0.1459	0.1089	-0.2064	0.0114	8.9319	7.3463	34.0519
15	4.6369	5.1069	-4.186	19.1086	-9.4545	9.7589	0.2547	-0.3483	-0.2547	0.7571	-0.3573	-1.2243	-0.4022	1.1704	0.1026	-0.0163	-0.0915	-0.07	0.0808	-0.1547	-0.0485	10.1251	9.3354	28.9664
16	3.3107	0.0194	-2.5428	25.8721	-12.9645	9.2314	0.2287	-0.2891	0.0852	0.2661	-0.449	0.122	0.02	1.0206	0.2202	-0.0824	-0.0066	-0.0887	-0.0206	-0.08	-0.102	7.4612	4.5133	26.1987
17	20.4611	10.4877	8.2263	12.2189	6.9122	6.995	0.0165	-2.2607	0.5303	0.2675	-0.7205	-0.7238	-0.8585	-0.4125	0.7039	-0.0813	0.0075	-0.1017	0.0973	-0.2259	-0.1356	1.5909	15.1278	33.2818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	51 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	61 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	73 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	89 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	116 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	159 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	169 - 178
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	179 - 186
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	187 - 197
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	198 - 204
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	205 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	218 - 228
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	229 - 242

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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