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万見
- PDB-3gr5: Periplasmic domain of the outer membrane secretin EscC from enter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gr5
タイトルPeriplasmic domain of the outer membrane secretin EscC from enteropathogenic E.coli (EPEC)
要素EscC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / secretin / Type III secretion system / outer membrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Yip, C.K. / Vockovic, M. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: A conserved structural motif mediates formation of the periplasmic rings in the type III secretion system.
著者: Spreter, T. / Yip, C.K. / Sanowar, S. / Andre, I. / Kimbrough, T.G. / Vuckovic, M. / Pfuetzner, R.A. / Deng, W. / Yu, A.C. / Finlay, B.B. / Baker, D. / Miller, S.I. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EscC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1454
ポリマ－17,8571
非ポリマー2883
水1,38777
1
A: EscC
ヘテロ分子

A: EscC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2918
ポリマ－35,7152
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3320 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.645, 90.645, 133.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-224-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EscC


分子量: 17857.307 Da / 分子数: 1 / 断片: EscC periplasmic domain, residues 21-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: escC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52135
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.24 %
結晶化詳細: microbatch, 2.0 M Ammonium sulfate + 0.1 M sodium acetate pH 4.5 or Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.05→18.7 Å / Num. obs: 20942 / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→18.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.57 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1072 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 20941 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.46 Å2 / Biso mean: 42.164 Å2 / Biso min: 19.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→18.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1237 0 15 77 1329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0221272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1021.9841722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98332686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5765152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.21310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3140.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3140.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2930.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7631.5767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.24221259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3553505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1984.5463
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 88
Rwork0.248 1433
all-1521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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