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- PDB-3gr0: Periplasmic domain of the T3SS inner membrane protein PrgH from S... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gr0 | ||||||
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Title | Periplasmic domain of the T3SS inner membrane protein PrgH from S.typhimurium (fragment 170-362) | ||||||
![]() | Protein prgH | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Type III secretion system / inner membrane protein / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Virulence | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yip, C.K. / Vockovic, M. / Yu, A.C. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: A conserved structural motif mediates formation of the periplasmic rings in the type III secretion system. Authors: Spreter, T. / Yip, C.K. / Sanowar, S. / Andre, I. / Kimbrough, T.G. / Vuckovic, M. / Pfuetzner, R.A. / Deng, W. / Yu, A.C. / Finlay, B.B. / Baker, D. / Miller, S.I. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 161.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 130.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22953.041 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: PrgH periplasmic domain, residues 170-362 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.18 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 30% (w/v) PEG 1500 + 0.1M lithium sulfate + 0.1M Tris 8.5 + 0.109M octanoyl-n-hydroxyethylglucamide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→35 Å / Num. obs: 39588 / % possible obs: 99.52 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.61 Å2 / Biso mean: 23.526 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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