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Yorodumi- PDB-3gr0: Periplasmic domain of the T3SS inner membrane protein PrgH from S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gr0 | ||||||
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Title | Periplasmic domain of the T3SS inner membrane protein PrgH from S.typhimurium (fragment 170-362) | ||||||
Components | Protein prgH | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Type III secretion system / inner membrane protein / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Virulence | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Yip, C.K. / Vockovic, M. / Yu, A.C. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2009 Title: A conserved structural motif mediates formation of the periplasmic rings in the type III secretion system. Authors: Spreter, T. / Yip, C.K. / Sanowar, S. / Andre, I. / Kimbrough, T.G. / Vuckovic, M. / Pfuetzner, R.A. / Deng, W. / Yu, A.C. / Finlay, B.B. / Baker, D. / Miller, S.I. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3gr0.cif.gz | 161.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3gr0.ent.gz | 130.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3gr0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22953.041 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: PrgH periplasmic domain, residues 170-362 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Gene: prgH, STM2874 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P41783 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.18 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 30% (w/v) PEG 1500 + 0.1M lithium sulfate + 0.1M Tris 8.5 + 0.109M octanoyl-n-hydroxyethylglucamide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→35 Å / Num. obs: 39588 / % possible obs: 99.52 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.97 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.245 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.61 Å2 / Biso mean: 23.526 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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