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- PDB-3gom: Barium bound to the Holliday junction sequence d(TCGGCGCCGA)4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gom
タイトルBarium bound to the Holliday junction sequence d(TCGGCGCCGA)4
要素5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
キーワードDNA / Holliday junction structure
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Naseer, A. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure determination of an intercalating ruthenium dipyridophenazine complex which kinks DNA by semiintercalation of a tetraazaphenanthrene ligand.
著者: Hall, J.P. / O'Sullivan, K. / Naseer, A. / Smith, J.A. / Kelly, J.M. / Cardin, C.J.
履歴
登録2009年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7797
ポリマ－6,0922
非ポリマー6875
水64936
1
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,55714
ポリマ－12,1844
非ポリマー1,37310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.2000, 23.8000, 37.4100
Angle α, β, γ (deg.)90.0000, 110.0100, 90.0000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Holliday junction structure
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: BaCl2, MPD, NaCacodylate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1BaCl211
2MPD11
3Na Cacodylate11
4BaCl212
5MPD12
6Na Cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD SAPPHIRE CCD / 検出器: CCD / 詳細: multigraded optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.956 Å / Num. all: 2518 / Num. obs: 2351 / % possible obs: 93.22 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 31.247 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: -28 / Limit k max: 10 / Limit k min: 0 / Limit l max: 16 / Limit l min: 0 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique all: 461 / % possible all: 93.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
CrysalisProRedデータ収集
CrysalisProRedデータ削減
CrysalisProRedデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NVY

1nvy


解像度: 2.3→19.956 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 13.5 / SU ML: 0.291 / SU R Cruickshank DPI: 0.604 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.349 101 4.3 %RANDOM
Rwork0.26 ---
all0.264 2351 --
obs0.264 2351 93.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å2-0.97 Å2
2--3.16 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 5 36 445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0084520.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8226943
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.066780.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0062080.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1931210.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3162590.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.325280.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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