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万見
- PDB-3gnx: Structure of dehydrated D-xylose isomerase from streptomyces rubi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gnx
タイトルStructure of dehydrated D-xylose isomerase from streptomyces rubiginosus
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / Protein D-Xylose Isomerase Glucose Dehydrated / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm / Magnesium / Metal-binding / Pentose shunt / Xylose metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylitol / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gramiccia, F. / Schiltz, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Dehydration-induced structural phase transition in crystals of D-xylose isomerase from streptomyces rubiginosus
著者: Gramiccia, F. / Besnard, C. / Schiltz, M.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
E: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7708
ポリマ－86,2462
非ポリマー5246
水7,746430
1
A: Xylose isomerase
E: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
E: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,54016
ポリマ－172,4924
非ポリマー1,04812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area33150 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area45990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.853, 87.650, 94.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43123.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN USED IN THE STUDY WAS DIRECTLY EXTRACTED FROM STREPTOMYCES RUBIGINOSUS. AUTHOR BELIEVE ...THE PROTEIN USED IN THE STUDY WAS DIRECTLY EXTRACTED FROM STREPTOMYCES RUBIGINOSUS. AUTHOR BELIEVE THAT ARG 41 IS AN ERROR IN THE DEPOSITED PRIMARY SEQUENCE IN DATABASE UNP P24300 XYLA_STRRU.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 278 K / pH: 7
詳細: 6mM Tris-HCl, 33mg/ml crystalline suspension, 0.91M ammonium sulfate, 1mM magnesium sulfate (Hampton Research Ltd.); Soaked in xylitol solution, pH 7.0, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER
検出器タイプ: STOE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月10日 / 詳細: Xenocs multilayer optics
放射モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→94.49 Å / Num. all: 51870 / Num. obs: 51870 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.836 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STOEIPDS X-Areaデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XIG

1xig


解像度: 2→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.592 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 2771 5.1 %RANDOM
Rwork0.16018 ---
obs0.16254 51870 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.967 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6062 0 24 430 6516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.9538424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40123.095336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24915976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1191568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.24236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.39723909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1136050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74422598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.73632374
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 174 -
Rwork0.231 3689 -
obs--95.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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