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- PDB-3gmx: Crystal Structure of Beta-Lactamse Inhibitory Protein-Like Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gmx
タイトルCrystal Structure of Beta-Lactamse Inhibitory Protein-Like Protein (BLP) at 1.05 Angstrom Resolution
要素BLP
キーワードPROTEIN BINDING / 2-layer alpha/beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


BLIP domain / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-Lactamase Inhibitory Protein-Like Protein / Beta-Lactamase Inhibitory Protein-Like Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Gretes, M. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights into positive and negative requirements for protein-protein interactions by crystallographic analysis of the beta-lactamase inhibitory proteins BLIP, BLIP-I, and BLP.
著者: Gretes, M. / Lim, D.C. / de Castro, L. / Jensen, S.E. / Kang, S.G. / Lee, K.J. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2009年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: BLP
A: BLP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3416
ポリマ－35,1052
非ポリマー2364
水14,124784
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.771, 99.925, 41.643
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BLP


分子量: 17552.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
株: ATCC 27064 / 遺伝子: blp / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97062, UniProt: B5GLC0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: starting concentration as follows: 5.5 mg/ml protein, 10% PEG 8000, 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 50 mM sodium cacodylate, 75 mM NaCl, 15 mM tris, pH 6.5, microbatch under oil, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→49.94 Å / Num. obs: 114297 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.06 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5662 / Χ2: 1.084 / % possible all: 65.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å55.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.687 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.154 5754 5 %RANDOM
Rwork0.125 ---
obs0.126 114227 85.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.16 Å2 / Biso mean: 11.089 Å2 / Biso min: 2.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20.2 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 16 784 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9383788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.60736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5785352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62923.958144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43815435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3860.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4180.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3891.51708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98422718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52831209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1614.51061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.35932920
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.0693784
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.04632665
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 332 -
Rwork0.187 5908 -
all-6240 -
obs--65.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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