[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3gmy: Crystal Structure of Beta-Lactamse Inhibitory Protein-Like Protei... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gmy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Beta-Lactamse Inhibitory Protein-Like Protein (BLP), Selenomethionine Derivative | ||||||
![]() | BLP | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / 2-layer alpha/beta sandwich | ||||||
Function / homology | BLIP domain / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Beta-Lactamase Inhibitory Protein-Like Protein / Beta-Lactamase Inhibitory Protein-Like Protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gretes, M. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Insights into positive and negative requirements for protein-protein interactions by crystallographic analysis of the beta-lactamase inhibitory proteins BLIP, BLIP-I, and BLP. Authors: Gretes, M. / Lim, D.C. / de Castro, L. / Jensen, S.E. / Kang, S.G. / Lee, K.J. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 149.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 123.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 433.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 441.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 17740.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.68 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: hanging drop / pH: 8.5 Details: 11 mg/ml protein in 30 mM tris, 150 mM NaCl mixed 1:1 with well solution 30% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, pH 8.5, hanging drop, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM Q315r / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 45.17 / Number: 171171 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 4.07 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30061 / % possible obs: 94.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→55.99 Å / Num. obs: 30474 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 7.6 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 34.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 7.9 % / Rsym value: 0.23 / % possible all: 96.2 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 11.042 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→55 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
|