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- PDB-6xqk: Crystal structure of the D/D domain of PKA from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqk
タイトルCrystal structure of the D/D domain of PKA from S. cerevisiae
要素cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein kinase A
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / Hedgehog 'off' state / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein localization to bud neck / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly ...PKA activation / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / Hedgehog 'off' state / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein localization to bud neck / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / negative regulation of Ras protein signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cellular response to nitrogen starvation / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cellular response to glucose starvation / cAMP binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Larrieux, N. / Gonzalez Bardeci, N. / Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of yeast regulatory subunit reveals key evolutionary insights into Protein Kinase A oligomerization.
著者: Bardeci, N.G. / Tofolon, E. / Trajtenberg, F. / Caramelo, J. / Larrieux, N. / Rossi, S. / Buschiazzo, A. / Moreno, S.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
E: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
F: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
H: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,57713
ポリマ－47,1738
非ポリマー4045
水2,126118
1
A: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
C: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
D: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7716
ポリマ－23,5864
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
F: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
G: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
H: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8067
ポリマ－23,5864
非ポリマー2203
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.824, 52.134, 68.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAPK regulatory subunit / Bypass of cyclase mutations protein 1 / Protein kinase A regulatory ...cAPK regulatory subunit / Bypass of cyclase mutations protein 1 / Protein kinase A regulatory subunit / PKA regulatory subunit


分子量: 5896.602 Da / 分子数: 8 / 断片: D/D domain (UNP residues 1-50) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BCY1, REG1, SRA1, YIL033C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07278
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% w/v PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月27日 / 詳細: Varimax-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.557→64.8 Å / Num. obs: 12426 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 42.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.56→2.69 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 1777 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.56→64.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU R Cruickshank DPI: 1.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.386 / SU Rfree Blow DPI: 0.336 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.341
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 601 4.84 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.217 12414 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 73.64 Å2 / Biso mean: 30.81 Å2 / Biso min: 5.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9042 Å20 Å2-3.7839 Å2
2--5.071 Å20 Å2
3---0.8333 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→64.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2891 0 25 118 3034
Biso mean--32.45 21.56 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1058SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes536HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2973HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion364SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2602SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2973HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3991HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.41
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 17 4.11 %
Rwork0.2183 397 -
all0.2197 414 -
obs--97.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.4325-0.91420.66151.6098-0.1690.6192-0.038-0.01480.0447-0.06670.1292-0.20430.08170.1188-0.0912-0.0596-0.01160.0121-0.0582-0.0490.031823.516118.292919.3827
20.6352-0.0387-0.77311.9887-0.1142-0.6352-0.0804-0.07-0.1137-0.19760.1716-0.1921-0.21390.0192-0.09120.0296-0.06460.0265-0.0566-0.0563-0.034424.757830.445517.0041
30.390.8112-1.55860.5391.12055.66360.00760.1713-0.09750.17910.1730.2834-0.5151-0.5981-0.1806-0.06570.08710.01310.00380.0054-0.03023.549226.429715.7117
4-0.0293-0.0711-0.73440.17560.79825.7603-0.01550.2815-0.3146-0.7575-0.0053-0.04510.339-0.50920.02080.0606-0.0339-0.0653-0.0336-0.0458-0.07327.708521.98185.0792
50.75190.8915-0.18193.128-2.04190.3148-0.1780.016-0.2658-0.2468-0.03780.08310.3553-0.22830.21580.0186-0.04310.0367-0.1009-0.0547-0.042620.480244.157315.7244
61.7177-0.8913-0.18510.3829-1.0161-0.1547-0.0770.09550.14620.0833-0.01310.012-0.1118-0.0920.09010.0152-0.0391-0.0285-0.09130.0007-0.025320.167655.796418.2469
71.48150.5548-0.58710-0.16562.9223-0.1147-0.3597-0.10290.34470.1066-0.21880.57380.6090.0081-0.00130.1282-0.0310.00640.0276-0.022139.473848.387526.2506
82.8229-1.2753-0.574201.70854.0566-0.2309-0.04230.3825-0.5288-0.0136-0.2752-0.15550.76950.2445-0.0495-0.01820.1082-0.00840.10230.020741.816351.694314.7281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }0
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }0
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }0
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }0
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }0
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }0
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }0
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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