PDB-3ggf: Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ggf

タイトル

Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin

要素

Serine/threonine-protein kinase MST4

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Apoptosis / ATP-binding / Golgi apparatus / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

microvillus assembly / FAR/SIN/STRIPAK complex / vesicle membrane / Golgi-associated vesicle / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cell periphery / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Rellos, P. / Eidarus, S. / Das, S. / Pike, A.C.W. / Sethi, R. / Fedorov, O. / Savitsky, P. / Roos, A.K. / Filippakopoulos, P. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural comparison of human mammalian ste20-like kinases
著者: Record, C.J. / Chaikuad, A. / Rellos, P. / Das, S. / Pike, A.C. / Fedorov, O. / Marsden, B.D. / Knapp, S. / Lee, W.H.

履歴

登録	2009年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ggf.cif.gz	129.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ggf.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ggf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/3ggf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/3ggf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ckxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dki-2 5hhw-d 6o9d-2 2oib-4 4qo9-2 1irk-d 3s7p-d 4f0g-d 4kcc-d 4f1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HR3174

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase MST4

B: Serine/threonine-protein kinase MST4

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase MST4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase MST4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.920, 91.250, 108.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B
1	7	A
2	7	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	1	A	A	18 - 27	19 - 28
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	1	B	B	18 - 27	19 - 28
1	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	A	A	28 - 42	29 - 43
2	2	GLU	GLU	ILE	ILE	3	B	B	28 - 42	29 - 43
1	3	ASN	ASN	VAL	VAL	4	A	A	44 - 49	45 - 50
2	3	ASN	ASN	VAL	VAL	4	B	B	44 - 49	45 - 50
1	4	VAL	VAL	SER	SER	2	A	A	50 - 79	51 - 80
2	4	VAL	VAL	SER	SER	2	B	B	50 - 79	51 - 80
1	5	SER	SER	PHE	PHE	1	A	A	80 - 163	81 - 164
2	5	SER	SER	PHE	PHE	1	B	B	80 - 163	81 - 164
1	6	GLY	GLY	PHE	PHE	4	A	A	164 - 179	165 - 180
2	6	GLY	GLY	PHE	PHE	4	B	B	164 - 179	165 - 180
1	7	VAL	VAL	GLU	GLU	1	A	A	180 - 297	181 - 298
2	7	VAL	VAL	GLU	GLU	1	B	B	180 - 297	181 - 298

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

詳細

AUTHOR SUGGESTS THAT DIMERIC IS AN INACTIVE FORM

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase MST4 / Mammalian STE20-like protein kinase 4 / STE20-like kinase MST4 / MST-4 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 4 / STE20-like kinase MST4 / MST-4 / Serine/threonine-protein kinase MASK / Mst3 and SOK1-related kinase 分子量: 33860.766 Da / 分子数: 2 / 断片: protein kinase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MST4, MASK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 参照: UniProt: Q9P289, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-GVD / [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE 分子量: 381.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₉N₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.88 Å
検出器	タイプ: MAR225 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.78 Å / Num. all: 28094 / Num. obs: 28094 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0085	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CKX

3ckx

解像度: 2.35→46.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 15.297 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27698	1408	5 %	RANDOM
R_work	0.21879	-	-	-
obs	0.22168	26636	99.93 %	-
all	-	28044	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.182 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.334 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4287	0	65	146	4498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4470
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.99	6014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3.002	7470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.112	5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.494	25.027	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.57	15	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.788	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.969	1.5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	1.5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.843	2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.548	3	177
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.543	4.5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.59	3	3
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.558	3	3
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	17.276	3	7

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	137	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	86	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	174	tight positional	0.04	0.05
5	1	A	1143	tight positional	0.05	0.05
7	1	A	1629	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	86	medium positional	0.51	0.5
4	1	A	179	medium positional	0.04	0.5
6	1	A	48	medium positional	0.42	0.5
2	1	A	96	loose positional	0.03	5
1	2	B	137	tight thermal	0.11	0.5
2	2	B	86	tight thermal	0.14	0.5
4	2	B	174	tight thermal	0.2	0.5
5	2	B	1143	tight thermal	0.19	0.5
7	2	B	1629	tight thermal	0.18	0.5
3	2	B	86	medium thermal	1.84	2
4	2	B	179	medium thermal	0.17	2
6	2	B	48	medium thermal	2.06	2
2	2	B	96	loose thermal	0.13	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	104	-
R_work	0.281	1947	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.3015	5.5153	-11.6996	23.0802	-7.3594	12.9303	0.6569	-1.2332	0.536	-0.8881	-0.4239	0.9822	-0.868	-0.1517	-0.233	0.1636	0.0754	-0.054	0.2	-0.0698	0.0558	89.031	-3.953	80.99
2	1.5092	0.5449	-0.4519	1.0688	-1.1359	1.6687	-0.1029	-0.0891	0.0111	0.0277	-0.1	-0.1952	-0.2707	0.024	0.2028	0.1682	0.0452	-0.0232	0.0338	-0.0096	0.1178	91.287	-9.986	93.816
3	1.5053	-0.0331	-0.1177	1.7058	0.1953	1.7603	-0.0787	-0.1601	0.0275	0.1691	0.0527	-0.0642	-0.105	0.1396	0.0259	0.0989	0.0189	0.001	0.0314	0.0124	0.1338	83.948	-17.613	109.279
4	18.98	13.3289	5.5981	19.8457	8.6714	14.3998	1.1413	-0.0224	-0.9531	-0.2434	-0.3417	-1.6397	1.1297	1.2944	-0.7997	0.3607	0.2332	0.0028	0.2311	-0.0009	0.1579	66.653	4.491	83.731
5	1.0483	-0.2387	0.1015	2.3776	1.4935	3.1784	-0.0369	0.0617	-0.0394	-0.2218	-0.0755	0.1475	0.2682	0.2134	0.1124	0.1876	0.0674	-0.0037	0.0366	0.0043	0.1677	61.54	10.652	95.686
6	2.7635	-1.3613	1.0742	3.9275	-0.1053	1.3077	-0.0372	-0.0083	0.116	-0.2334	-0.0246	-0.076	0.0005	-0.0571	0.0618	0.0818	0.0033	0.011	0.0041	-0.0081	0.0976	70.465	18.956	111.343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	141 - 300
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	18 - 37
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	38 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	177 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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