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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ge3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the reduced Toluene 4-Monooxygenase HD T201A mutant complex | ||||||
![]() | (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DIIRON HYDROXYLASE / EFFECTOR PROTEIN / T201A / Aromatic hydrocarbons catabolism / FAD / Flavoprotein / Iron / Monooxygenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Elsen, N.L. / Bailey, L.J. / Fox, B.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role for threonine 201 in the catalytic cycle of the soluble diiron hydroxylase toluene 4-monooxygenase. 著者: Elsen, N.L. / Bailey, L.J. / Hauser, A.D. / Fox, B.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y,-z |
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要素
-Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 4分子 ABCE
#1: タンパク質 | 分子量: 58139.312 Da / 分子数: 1 / 変異: T201A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tmoA / プラスミド: p58K_ABE_T201A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38433.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tmoE / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む |
#3: タンパク質 | 分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tmoB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む |
#4: タンパク質 | 分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tmoD / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む |
-非ポリマー , 4種, 910分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 200 Na Acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月19日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→30.6 Å / Num. all: 150546 / Num. obs: 159683 / % possible obs: 99.35 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.52 Å / % possible all: 99.35 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DHH 解像度: 1.52→30.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.141 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.932 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→30.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.523→1.562 Å / Total num. of bins used: 20
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