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万見
- PDB-3g3o: Crystal structure of the cytoplasmic tunnel domain in yeast Vtc2p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g3o
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic tunnel domain in yeast Vtc2p
要素Vacuolar transporter chaperone 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / polyphosphate polymerase / polyphosphate kinase / VTC complex / vacuolar transporter chaperone / tunnel enzyme / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Vacuole
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar transporter chaperone complex / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / polyphosphate metabolic process / vacuolar transport / intracellular phosphate ion homeostasis / fungal-type vacuole membrane / inositol hexakisphosphate binding ...vacuolar transporter chaperone complex / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / polyphosphate metabolic process / vacuolar transport / intracellular phosphate ion homeostasis / fungal-type vacuole membrane / inositol hexakisphosphate binding / autophagosome membrane / intracellular protein localization / cell cortex / cytoplasmic vesicle / calmodulin binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
VTC, catalytic tunnel domain / Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / VTC domain superfamily / : / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / SPX domain / SPX domain profile. ...VTC, catalytic tunnel domain / Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / VTC domain superfamily / : / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / SPX domain / SPX domain profile. / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar transporter chaperone complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hothorn, M. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Catalytic core of a membrane-associated eukaryotic polyphosphate polymerase.
著者: Hothorn, M. / Neumann, H. / Lenherr, E.D. / Wehner, M. / Rybin, V. / Hassa, P.O. / Uttenweiler, A. / Reinhardt, M. / Schmidt, A. / Seiler, J. / Ladurner, A.G. / Herrmann, C. / Scheffzek, K. / Mayer, A.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar transporter chaperone 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7234
ポリマ－45,4351
非ポリマー2883
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.200, 74.590, 80.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar transporter chaperone 2 / Phosphate metabolism protein 1


分子量: 45435.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 183-553 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PHM1, VTC2, YFL004W / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P43585
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22 % PEG 4000, 0.2 M Li2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9780, 0.97790 0.9742
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月6日
放射モノクロメーター: double Silicon (111) crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.97791
30.97421
反射解像度: 2.1→43.4 Å / Num. obs: 25562 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 7526 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.295 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 1301 5.09 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.2004 25559 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.717 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2377 0 15 206 2598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.18180.28171410.22032500X-RAY DIFFRACTION94
2.1818-2.28110.22111460.18592661X-RAY DIFFRACTION100
2.2811-2.40140.23821470.18062673X-RAY DIFFRACTION100
2.4014-2.55180.24211410.18622692X-RAY DIFFRACTION100
2.5518-2.74880.24941440.19422677X-RAY DIFFRACTION100
2.7488-3.02530.21611470.19922695X-RAY DIFFRACTION100
3.0253-3.46270.23011530.19292715X-RAY DIFFRACTION100
3.4627-4.36160.17751590.17382745X-RAY DIFFRACTION100
4.3616-37.30090.26771230.20922900X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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