PDB-3g3h: Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer K665R ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g3h

タイトル

Crystal structure of the GluR6 ligand binding domain dimer K665R I749L Q753K mutant with glutamate and NaCl at 1.5 Angstrom resolution

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cell junction / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Receptor / RNA editing / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Chaudhry, C. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Stability of ligand-binding domain dimer assembly controls kainate receptor desensitization.
著者: Chaudhry, C. / Weston, M.C. / Schuck, P. / Rosenmund, C. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2009年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g3h.cif.gz	229.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g3h.ent.gz	187.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g3h_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g3h_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	3g3h_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	3g3h_validation.cif.gz	44.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/3g3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g3fC 3g3gC 3g3iC 3g3jC 3g3kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g3g-d 4bdm-1 3g3i-d 4bdl-d 3g3j-d 4bdm-2 2xxx-1 2xxy-1 4n07-1 4e0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.136, 113.499, 52.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The native protein is believed to be a dimer of dimers; only 1 copy of the dimer formed by chains A and B is present in this crystal form.

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6 分子量: 29400.699 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 429-544, 667-806 / 変異: K696R, I780L, Q784K / 由来タイプ: 組換発現詳細: The K665R I749L and Q753K mutations were created intentionally. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 and 636-775 are cou pled by a synthetic GT peptide. ...詳細: The K665R I749L and Q753K mutations were created intentionally. The 1st residue is a vector encoded affinity tag fragment. Residues 398-513 and 636-775 are cou pled by a synthetic GT peptide. The numbering is for the mature protein after cl eavage of the 31 AA signal peptide. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GriK2 / プラスミド: pET22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB (DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 4K, 13% ISOPROPANOL, 0.1 M NaCitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月31日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 86616 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.5→29.525 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC AND TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement was started with Refmac_5.2. The final rounds of refinement were performed with phenix and included occupancy refinement for ions, and for residues with alternative conformations.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1764	4201	5 %	RANDOM
R_work	0.1474	-	-	-
all	0.1489	83975	-	-
obs	0.1489	83975	97.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.754 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8663	0	38	721	9422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	16050
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1333
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.302	2284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2801	129	0.2068	2458	X-RAY DIFFRACTION	93
1.517-1.5349	0.2407	124	0.1963	2583	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5349-1.5536	0.2119	125	0.1856	2609	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5536-1.5733	0.2173	132	0.1797	2619	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5733-1.594	0.1904	136	0.178	2629	X-RAY DIFFRACTION	97
1.594-1.6158	0.2248	137	0.1709	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6158-1.6389	0.2081	133	0.1708	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6389-1.6634	0.2233	135	0.1649	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6893	0.1783	150	0.162	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6893-1.717	0.184	117	0.1552	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
1.717-1.7466	0.2134	152	0.1492	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7466-1.7784	0.1726	142	0.1457	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7784-1.8126	0.1814	143	0.144	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8126-1.8496	0.1671	150	0.1437	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8496-1.8898	0.1897	151	0.1453	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8898-1.9338	0.1752	160	0.138	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9338-1.9821	0.1641	120	0.1386	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9821-2.0357	0.1741	150	0.1285	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0357-2.0956	0.1554	133	0.1297	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0956-2.1632	0.1617	147	0.122	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1632-2.2405	0.1413	138	0.1234	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2405-2.3301	0.1485	137	0.1272	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3301-2.4361	0.18	165	0.142	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4361-2.5645	0.1654	140	0.1427	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5645-2.7251	0.1864	141	0.1427	2671	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7251-2.9353	0.1923	151	0.1526	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9353-3.2304	0.178	143	0.1408	2641	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2304-3.6971	0.1532	153	0.1279	2637	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6971-4.655	0.138	148	0.1184	2605	X-RAY DIFFRACTION	96
4.655-29.5311	0.1631	119	0.1575	2620	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5863	0.2929	0.0295	1.0006	-0.0365	0.7176	-0.0429	0.0684	0.0821	-0.1634	0.057	0.0485	-0.0765	0.0013	-0.0181	0.0978	-0.0006	0.0073	0.066	0.0201	0.0768	14.0503	27.9619	-3.0498
2	0.7063	0.2366	0.0432	1.1252	0.4205	0.752	0.0227	-0.0178	0.0669	0.062	-0.0062	-0.1023	-0.0104	0.0425	-0.0223	0.0676	-0.0005	0.0079	0.0504	-0.0074	0.0713	24.3975	33.8104	17.3512
3	0.1076	0.2781	0.0612	0.6786	-0.2225	0.1469	-0.0349	0.126	0.0016	-0.1513	0.047	-0.0545	0.0371	0.0187	0.0028	0.0882	-0.0038	0.0118	0.0746	-0.0034	0.0777	16.474	15.4205	-1.1179
4	1.0525	-0.0122	-0.1896	0.6432	0.0739	0.5234	0.0097	-0.0533	-0.0673	0.0145	0.0144	0.0593	0.0192	-0.0473	-0.0198	0.039	-0.0016	-0.01	0.0536	0.0114	0.0498	5.1805	0.6246	16.7495
5	1.1055	-0.2387	0.074	0.5799	-0.1066	0.801	0.0279	0.0018	-0.0708	-0.0067	-0.0354	-0.0528	0.0645	0.0735	0.0062	0.0412	0.0068	-0.0003	0.0533	0.0003	0.0536	27.7589	-4.7161	11.3192
6	0.4911	0.0651	0.0231	0.6111	-0.2838	0.5225	0.0262	-0.0477	0.0902	0.0711	0.0172	0.0487	-0.0831	-0.0063	-0.0457	0.054	0.0044	0.0051	0.0595	-0.0017	0.0646	7.5992	13.4435	16.9761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 3:108)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 109:216)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 217:252)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 2:108)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 109:216)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 217:252)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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