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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g2c | ||||||
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タイトル | Mth0212 in complex with a short ssDNA (CGTA) | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / single-stranded DNA / flipped nucleotide / PO4 / Mg2+ / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA 著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease 著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3fziSC ![]() 3g00C ![]() 3g0aC ![]() 3g0rC ![]() 3g1kC ![]() 3g2dC ![]() 3g38C ![]() 3g3cC ![]() 3g3yC ![]() 3g4tC ![]() 3g8vC ![]() 3g91C ![]() 3ga6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 31430.650 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (WT) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 4種, 180分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | IN THIS ENTRY, THE FOLLOWING DNAS WERE PREPARED. THE ONE CONSISTS OF CGTA(UPS)TACG AND THE OTHER ...IN THIS ENTRY, THE FOLLOWING DNAS WERE PREPARED. THE ONE CONSISTS OF CGTA(UPS)TACG AND THE OTHER CGTATACG THAT WERE CONSTRUCTE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir: 25% MPD, 100mM KHEPES pH 7.0; complex solution: 50mM KCl, 10mM KH2PO4/K2HPO4 pH 7.0, 1mM MgCl2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.815 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 25521 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 99.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3FZI 解像度: 2.3→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 8.348 / SU ML: 0.206 / SU R Cruickshank DPI: 0.422 / SU Rfree: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; the coordinates of Thr 210 and Arg 211 of chain A are connected via a peptide bond which deviates significantly from both cis and trans ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; the coordinates of Thr 210 and Arg 211 of chain A are connected via a peptide bond which deviates significantly from both cis and trans conformation.; the coordinates representing the Arg 15 of chain A and Thr 210 of chain B have unexpected configuration of the chiral center. They should not be changed.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.95 Å2 / Biso mean: 38.834 Å2 / Biso min: 14.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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