PDB-3fzu: IgG1 Fab characterized by H/D exchange

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fzu

タイトル

IgG1 Fab characterized by H/D exchange

要素

immunoglobulin IgG1 Fab, heavy chain
immunoglobulin IgG1 Fab, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG1 Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Arndt, J. / Houde, D. / Domeier, W. / Berkowitz, S. / Engen, J.R.

引用

ジャーナル: Anal Chem / 年: 2009
タイトル: Characterization of IgG1 conformation and conformational dynamics by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry.
著者: Houde, D. / Arndt, J. / Domeier, W. / Berkowitz, S. / Engen, J.R.

履歴

登録	2009年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fzu.cif.gz	171.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fzu.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fzu_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fzu_full_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示
XML形式データ	3fzu_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	3fzu_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ymx-d 5mub-8 6co3-d 7k8p-d 3g6j-4 6a9k-2 1ruq-d 5vh3-1 5l7x-d 6c5i-d 6z3k-6 4jzn-1 5lgh-d 7lsi-1 6ev1-2 5mu2-8 6n16-1 3dif-2 3lex-1 6dwi-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: immunoglobulin IgG1 Fab, light chain

H: immunoglobulin IgG1 Fab, heavy chain

C: immunoglobulin IgG1 Fab, heavy chain

D: immunoglobulin IgG1 Fab, light chain

94.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: immunoglobulin IgG1 Fab, light chain

H: immunoglobulin IgG1 Fab, heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: immunoglobulin IgG1 Fab, heavy chain

D: immunoglobulin IgG1 Fab, light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	243.051, 61.938, 100.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	immunoglobulin IgG1 Fab, light chain 分子量: 23543.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	immunoglobulin IgG1 Fab, heavy chain 分子量: 23640.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 38% PEG 400, 200 mM sodium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月1日
放射	モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 42711 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 31.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 19.608 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26107	2293	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21039	-	-	-
obs	0.21301	42711	93.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.514 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.16 Å²	0 Å²	2.28 Å²
2-	-	-1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6485	0	0	55	6540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	6650
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.743	1.954	9050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.276	3.003	10869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	26.125	5	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.839	24.131	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.927	15	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.465	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	4612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.214	0.2	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.116	0.2	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.236	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.073	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.06	1.5	4598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.24	1.5	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.645	2	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.763	3	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.087	4.5	2164

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.459	132	-
R_work	0.402	2744	-
obs	-	-	81.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6181	0.2246	-0.0934	2.6008	0.9354	3.2374	0.0676	0.3625	-0.0137	-0.4846	-0.0351	-0.1982	-0.1345	-0.1344	-0.0325	-0.0432	0.0748	0.0277	-0.1391	0.0051	-0.1499	34.0787	-12.2687	35.4572
2	5.4316	-2.3635	-0.2098	2.9612	0.9977	4.1849	0.1496	0.6084	0.7141	-0.3733	0.0376	0.1626	-0.7165	-0.1835	-0.1872	-0.0287	0.1226	-0.1622	0.3172	0.1879	0.0373	5.4179	3.556	34.0412
3	3.7803	-0.088	0.0554	2.6789	0.6351	4.405	0.0059	-0.0629	0.1177	0.5097	-0.0213	0.3286	-0.1407	-0.4837	0.0154	0.1648	-0.0187	0.1517	-0.0059	-0.0048	0.1011	5.9473	-3.5881	93.8144
4	4.6977	-1.4034	-0.9621	6.0474	4.5006	5.912	0.0118	-0.5845	-0.5507	0.6907	-0.0086	0.3476	1.1919	-0.5457	-0.0032	-0.0246	-0.2577	0.004	0.3053	0.1174	0.1928	-8.6141	-26.5038	76.8205
5	1.8965	-1.5216	-1.168	4.0505	0.007	3.5916	0.0831	-0.1703	0.0698	0.1188	-0.0551	-0.2349	0.0819	0.0328	-0.028	-0.2681	-0.0332	-0.0255	-0.2716	-0.0019	-0.2302	30.9589	-6.6845	56.9382
6	5.7959	0.9999	3.2702	1.1286	0.9305	4.5507	0.0926	0.482	0.2358	-0.0611	-0.1194	0.4839	-0.0206	-0.6298	0.0268	-0.2956	0.1348	-0.1251	0.2786	0.0505	0.0557	-3.9687	-2.0863	46.1096
7	1.8213	-0.3053	-1.5045	2.9567	0.6493	3.9959	0.0822	-0.0397	0.0054	0.2252	-0.0248	-0.058	-0.0153	-0.0069	-0.0574	-0.2017	-0.0096	0.0153	-0.31	0.0329	-0.2426	21.5388	-7.7226	78.2044
8	8.7679	0.5403	-0.238	1.6722	-0.6927	1.818	0.2881	0.596	-0.4519	-0.1779	-0.0132	0.559	0.2516	-0.9165	-0.2749	-0.134	-0.197	-0.1621	0.2692	-0.0763	0.1213	-7.1116	-24.0028	60.6362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	120 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	120 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	1 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	108 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	108 - 213

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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