PDB-3fzq: Crystal structure of putative haloacid dehalogenase-like hydrolas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fzq

タイトル

Crystal structure of putative haloacid dehalogenase-like hydrolase (YP_001086940.1) from Clostridium difficile 630 at 2.10 A resolution

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / YP_001086940.1 / putative haloacid dehalogenase-like hydrolase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative haloacid dehalogenase-like hydrolase (YP_001086940.1) from Clostridium difficile 630 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fzq.cif.gz	131.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fzq.ent.gz	101.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fzq_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fzq_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	3fzq_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	3fzq_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3p42-6 2z6k-d 2vwb-2 6dbh-d 6aaa-1 2i4p-d 2j6r-d 4ect-d 3wmh-d 6oq3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 388088

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.232, 55.737, 116.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 143
2	1	1	4	B	1 - 143
1	2	1	6	A	144 - 273
2	2	1	6	B	144 - 273

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUGGEST THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 31974.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD0467, YP_001086940.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q188R2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 詳細: NANODROP, 0.20M Na2HPO4, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162, 0.97882, 0.97828

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97882	1
3	0.97828	1

反射

解像度: 2.1→29.828 Å / Num. obs: 36707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.1-2.15	3.6	0.503	2.1	9838	2704	0.503	99.6
2.15-2.21	3.7	0.449	2.4	9609	2614	0.449	99.8
2.21-2.28	3.7	0.364	2.9	9318	2525	0.364	99.9
2.28-2.35	3.7	0.345	3.2	9227	2510	0.345	99.9
2.35-2.42	3.7	0.282	4	8965	2416	0.282	100
2.42-2.51	3.7	0.253	4.6	8619	2308	0.253	99.9
2.51-2.6	3.7	0.233	4.9	8471	2260	0.233	100
2.6-2.71	3.8	0.181	6.4	8215	2163	0.181	100
2.71-2.83	3.8	0.16	7.6	7996	2086	0.16	100
2.83-2.97	3.8	0.134	9.3	7676	1995	0.134	100
2.97-3.13	3.8	0.11	11.9	7241	1885	0.11	100
3.13-3.32	3.8	0.095	14.9	6921	1808	0.095	100
3.32-3.55	3.8	0.081	18	6500	1701	0.081	100
3.55-3.83	3.8	0.068	22	5978	1566	0.068	100
3.83-4.2	3.8	0.063	25	5562	1457	0.063	100
4.2-4.7	3.8	0.058	26.4	4967	1315	0.058	100
4.7-5.42	3.8	0.059	26.4	4443	1182	0.059	100
5.42-6.64	3.7	0.067	24.2	3677	992	0.067	100
6.64-9.39	3.6	0.07	27.5	2798	785	0.07	100
9.39-29.828	3.2	0.07	32.2	1378	435	0.07	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.828 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 9.981 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.18
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1833	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	36695	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.57 Å² / B_iso mean: 33.703 Å² / B_iso min: 15.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.82 Å²	0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4217	0	43	359	4619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.959	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.348	3	7271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.228	5	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.348	25.616	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.67	15	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.421	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.162	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.14	0.2	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.073	0.2	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.156	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.081	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.104	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.075	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.986	2	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.185	2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.837	4	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.371	4	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.473	6	1580

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1648	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1701	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
1648	MEDIUM THERMAL	0.63	2
1701	LOOSE THERMAL	2.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	136	-
R_work	0.238	2536	-
all	-	2672	-
obs	-	-	98.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7489	0.0535	0.8957	0.8939	-0.7587	2.4388	0.0205	-0.1259	-0.0475	0.1542	0.0345	0.0634	0.1343	-0.1906	-0.055	-0.0615	0.012	0.0342	0.0418	0.0415	0.0045	32.5946	3.0025	45.4517
2	0.3799	0.0518	0.996	0.6301	0.7378	3.1931	-0.0942	0.0219	0.0386	0.0277	0.1091	-0.0162	-0.4396	0.3008	-0.0148	0.0077	-0.0636	-0.0022	0.0263	-0.0007	-0.012	42.3254	23.9284	37.7616
3	2.7972	-0.1475	5.6087	19.8061	1.3955	11.3908	0.2232	0.2588	0.4914	-0.6282	0.2069	-0.9656	-1.5313	0.3061	-0.4302	0.0067	-0.054	-0.0226	-0.1072	-0.0541	-0.0828	43.4976	14.6212	47.2763
4	0.4165	0.373	0.2707	1.1895	-0.3508	1.9978	-0.1082	-0.121	0.0582	0.1047	0.0854	0.1581	-0.4147	-0.1797	0.0228	-0.0322	0.0585	0.0091	0.0069	-0.0059	-0.012	31.2485	21.237	40.8122
5	1.1707	-0.6842	1.0601	2.488	0.0199	2.7988	-0.1166	-0.4776	-0.0581	0.3697	0.2064	0.1994	-0.2033	-0.4732	-0.0898	0.0025	0.0687	0.0861	0.1474	0.0537	-0.0352	27.2642	7.6906	58.6798
6	0.2345	-0.3973	-0.0554	0.8684	-0.5927	2.4268	-0.0397	-0.0721	-0.0038	0.0086	-0.0215	0.0232	-0.3191	0.1557	0.0613	-0.0707	-0.0349	-0.0116	-0.0325	0.015	0.0004	35.7898	21.4133	9.404
7	0.2253	-0.3663	-0.6479	0.7691	0.8058	2.2174	-0.0112	-0.1912	0.0416	0.0045	0.0815	-0.0848	0.2284	0.2574	-0.0703	-0.1059	0.0358	0.003	-0.0023	0.0343	0.0143	44.71	0.1647	21.5713
8	0.7251	-0.5656	-0.1239	0.9022	0.1791	1.4393	0.0002	0.0091	-0.1089	-0.0104	-0.0094	0.0604	0.2026	0.1138	0.0091	-0.0859	0.0134	0.0161	-0.0354	0.0079	0.0299	39.4138	-2.5033	17.7467
9	1.6411	-1.0853	0.1029	1.9376	-1.0712	1.8715	-0.0421	-0.0845	-0.0447	-0.0673	0.1058	0.1982	0.0657	-0.1649	-0.0637	-0.1287	-0.0065	-0.0209	-0.0261	-0.0102	0.0268	26.4928	13.0191	8.198
10	0.5424	-0.3452	-0.7538	1.1427	-0.0571	2.6295	0.0175	0.0867	-0.0466	-0.1721	-0.0716	0.0344	-0.0549	0.0587	0.0541	-0.0668	0.0131	-0.0261	-0.0357	0.0068	-0.0052	34.4219	16.2935	-4.1072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	142 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	230 - 273
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	79 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	143 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	199 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	230 - 273

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)