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万見
- PDB-3fzn: Intermediate analogue in benzoylformate decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fzn
タイトルIntermediate analogue in benzoylformate decarboxylase
要素Benzoylformate decarboxylase
キーワードLYASE / benzoylformate decarboxylase / thiamin diphosphate / intermediate analogue / Aromatic hydrocarbons catabolism / Calcium / Decarboxylase / Magnesium / Mandelate pathway / Metal-binding / Thiamine pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / acetolactate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D7K / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Benzoylformate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Bruning, M. / Berheide, M. / Meyer, D. / Golbik, R. / Bartunik, H. / Liese, A. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and kinetic studies on native intermediates and an intermediate analogue in benzoylformate decarboxylase reveal a least motion mechanism with an unprecedented short-lived ...タイトル: Structural and kinetic studies on native intermediates and an intermediate analogue in benzoylformate decarboxylase reveal a least motion mechanism with an unprecedented short-lived predecarboxylation intermediate.
著者: Bruning, M. / Berheide, M. / Meyer, D. / Golbik, R. / Bartunik, H. / Liese, A. / Tittmann, K.
履歴
登録2009年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoylformate decarboxylase
B: Benzoylformate decarboxylase
C: Benzoylformate decarboxylase
D: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,51929
ポリマ－228,9274
非ポリマー3,59225
水39,9212216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22780 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area63090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.510, 93.344, 94.525
Angle α, β, γ (deg.)63.46, 72.82, 73.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Benzoylformate decarboxylase / BFD / BFDC


分子量: 57231.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdlC / プラスミド: pBFD/trc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P20906, benzoylformate decarboxylase

-
非ポリマー , 6種, 2241分子

#2: 化合物
ChemComp-D7K / 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-{(S)-hydroxy[(R)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]phenylmethyl}-5-(2-{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium


分子量: 625.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N4O11P3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 25% PEG 2000 w/v, 0.2M MgCl2 , pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月25日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 260986 / Num. obs: 243335 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.83 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107
反射 シェル解像度: 1.62→1.64 Å / 冗長度: 1.82 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9621 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MCZ

1mcz


解像度: 1.62→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20309 12259 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.17167 260986 --
obs0.17167 230330 92.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0.25 Å2-0.37 Å2
2--0.32 Å2-0.42 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16070 0 186 2251 18507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02216736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.97323003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1873.00126865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91752232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65124.434715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.805152503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5631596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.22572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.210518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.27717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.27140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.942813802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.91384249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3431217214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.947167056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.65245716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 931 -
Rwork0.32 16847 -
obs--92.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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