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- PDB-6m2y: Crystal structure of a formolase, BFD variant M6 from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2y
タイトルCrystal structure of a formolase, BFD variant M6 from Pseudomonas putida
要素Benzoylformate decarboxylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / decarboxylases
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / acetolactate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Benzoylformate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wei, H.L. / Liu, W.D. / Li, T.Z. / Zhu, L.L.
引用ジャーナル: Green Chem / 年: 2020
タイトル: Totally atom-economical synthesis of lactic acid from formaldehyde: combined bio-carboligation and chemo-rearrangement without the isolation of intermediate.
著者: Li, T. / Tang, Z. / Wei, H. / Tan, Z. / Liu, P. / Li, J. / Zheng, Y. / Lin, J. / Liu, W. / Jiang, H. / Liu, H. / Zhu, L. / Ma, Y.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9453
ポリマ－56,4961
非ポリマー4502
水8,035446
1
A: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,78212
ポリマ－225,9834
非ポリマー1,7988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area27840 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area72030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.515, 106.674, 116.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-713-

HOH

21A-887-

HOH

31A-980-

HOH

41A-1048-

HOH

51A-1118-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Benzoylformate decarboxylase / BFDC


分子量: 56495.848 Da / 分子数: 1 / 変異: S26F, W86R, N87T, L109S, L110E, H281Y, A460M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdlC / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 trixb(DE3) / 参照: UniProt: P20906, benzoylformate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % / Mosaicity: 0.579 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M acetate pH 4.5, 0.2 M NaCl,40% (v/v) PEG-300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→25 Å / Num. obs: 39009 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.255 / Χ2: 0.724 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.1-2.189.41.02538690.8490.3421.0820.457
2.18-2.2610.80.89538420.9030.2810.9390.47
2.26-2.3612.80.7838510.9440.2260.8120.499
2.36-2.4913.20.60338560.960.1720.6270.534
2.49-2.6512.60.45238960.9760.1320.4710.558
2.65-2.8513.10.3238700.9860.0920.3330.65
2.85-3.1413.50.23738830.990.0670.2460.701
3.14-3.5912.70.16139160.9940.0470.1680.924
3.59-4.5213.60.10939450.9960.0310.1141.171
4.52-2512.50.08440810.9960.0250.0881.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A50

6a50


解像度: 2.1→24.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.919 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 1848 4.9 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.1558 36101 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.05 Å2 / Biso mean: 16.587 Å2 / Biso min: 3.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20 Å2
2--1.47 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3954 0 27 446 4427
Biso mean--20.41 28.18 -
残基数----526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0134082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0173720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2541.6385572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2191.5648631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.415525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32222.4200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3515605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.51524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02813
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 113 -
Rwork0.213 2654 -
all-2767 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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