[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5dgt: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE H70A MUTANT at pH 8.5 FROM PSEUDOMON... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dgt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE H70A MUTANT at pH 8.5 FROM PSEUDOMONAS PUTIDA | ||||||
![]() | Benzoylformate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE THIAMIN THIAZOLONE DIPHOSPHATE | ||||||
Function / homology | ![]() benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / acetolactate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bera, A.K. / Hasson, M.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE H70A MUTANT at pH 8.5 FROM PSEUDOMONAS PUTIDA Authors: Bera, A.K. / Hasson, M.S. #1: ![]() Title: Mechanism-based inactivation of benzoylformate decarboxylase, a thiamin diphosphate-dependent enzyme. Authors: Bera, A.K. / Polovnikova, L.S. / Roestamadji, J. / Widlanski, T.S. / Kenyon, G.L. / McLeish, M.J. / Hasson, M.S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 326.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 263.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1bfdS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 55879.055 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-TZD / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.08 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 22% (V/V) PEG400, 0.15 M CACl2, 0.5% (V/V), MPD, 0.1 M TRISCl (pH 8.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.08→50 Å / Num. obs: 213422 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.66 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.08→1.12 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / % possible all: 92.6 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1BFD Resolution: 1.081→19.505 Å / SU ML: 0.07 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 13.1 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 62.19 Å2 / Biso mean: 16.0035 Å2 / Biso min: 6.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.081→19.505 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|