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- PDB-3fy1: The Acidic Mammalian Chitinase catalytic domain in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fy1
タイトルThe Acidic Mammalian Chitinase catalytic domain in complex with methylallosamidin
要素Acidic mammalian chitinase
キーワードHYDROLASE / CHITINASE / ASTHMA / INHIBITOR / CHITIN DEGRADATION / METHYLALLOSAMIDIN / Alternative splicing / Carbohydrate metabolism / Chitin-binding / Cytoplasm / Glycosidase / Polymorphism / Polysaccharide degradation / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / immune system process ...chitin metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / immune system process / polysaccharide catabolic process / positive regulation of chemokine production / kinase binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALLOSAMIZOLINE / Acidic mammalian chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Olland, A.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Triad of polar residues implicated in pH specificity of acidic mammalian chitinase.
著者: Olland, A.M. / Strand, J. / Presman, E. / Czerwinski, R. / Joseph-McCarthy, D. / Krykbaev, R. / Schlingmann, G. / Chopra, R. / Lin, L. / Fleming, M. / Kriz, R. / Stahl, M. / Somers, W. / Fitz, L. / Mosyak, L.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidic mammalian chitinase
B: Acidic mammalian chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7166
ポリマ－88,4072
非ポリマー1,3094
水10,485582
1
A: Acidic mammalian chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8583
ポリマ－44,2031
非ポリマー6552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acidic mammalian chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8583
ポリマ－44,2031
非ポリマー6552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.688, 89.287, 126.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acidic mammalian chitinase / AMCase / TSA1902


分子量: 44203.371 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-408 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHIA / プラスミド: pTMED
発現宿主: Chinese Hamster (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9BZP6, chitinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-6-O-methyl-alpha-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 438.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2222h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2222h-1a_1-5_2*NCC/3=O_6*OC]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-AllpNAc]{[(4+1)][b-D-AllpNAc6Me]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-AMI / ALLOSAMIZOLINE / アロサミゾリン


分子量: 216.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THESE POSITIONS ARE LABELED AS SNPS. THIS WAS THE SEQUENCE THE AUTHORS GOT ...ACCORDING TO THE AUTHORS THESE POSITIONS ARE LABELED AS SNPS. THIS WAS THE SEQUENCE THE AUTHORS GOT IN ALL CLONES WHEN THEY CLONED AMCASE, AND SINCE SNP FREQUENCY WAS NOT INDICATED IN THE GENOMIC DATABASE, THEY KEPT THIS CLONE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200 mM ammonium formate, 1 mM methylallosamidin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 77763 / Num. obs: 71824 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.21
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Num. unique all: 4988 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1GUV

1guv


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.898 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19391 3586 5 %RANDOM
Rwork0.17479 ---
all0.17573 76141 --
obs0.17573 68238 89.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5950 0 88 582 6620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0581.9488518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2985752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25824.898294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33215927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.23187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.080.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5711.53830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75725996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26332849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7674.52520
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 269 -
Rwork0.284 4988 -
obs--89.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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