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万見
- PDB-3fxh: Crystal structure from the mobile metagenome of Halifax Harbour S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fxh
タイトルCrystal structure from the mobile metagenome of Halifax Harbour Sewage Outfall: Integron Cassette Protein HFX_CASS2
要素Integron gene cassette protein HFX_CASS2
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Integron Cassette Protein / Mobile Metagenome / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Crystal structure from the mobile metagenome of halifax harbour sewage outfall / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Putative integron gene cassette protein
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.837 Å
データ登録者Sureshan, V. / Deshpande, C. / Harrop, S.J. / Kudritska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Chang, C. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Sureshan, V. / Deshpande, C. / Harrop, S.J. / Kudritska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Chang, C. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Doolittle, W.F. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites.
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2009年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integron gene cassette protein HFX_CASS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5721
ポリマ－15,5721
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Integron gene cassette protein HFX_CASS2

A: Integron gene cassette protein HFX_CASS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1442
ポリマ－31,1442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.744, 66.829, 48.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Integron gene cassette protein HFX_CASS2


分子量: 15571.861 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: p15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: B0BHE4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.21 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Tri-lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.837→50 Å / Num. all: 10187 / Num. obs: 10187 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 1.967 / Net I/σ(I): 35.289
反射 シェル解像度: 1.837→1.87 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 3.018 / Num. unique all: 252 / Rsym value: 0.669 / Χ2: 1.122 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.837→26.787 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.66 / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1000 10.06 %random
Rwork0.186 ---
all0.191 9942 --
obs0.191 9942 94.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.651 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.57 Å2 / Biso mean: 39.717 Å2 / Biso min: 16.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.993 Å2-0 Å23.366 Å2
2---1.294 Å2-0 Å2
3---2.847 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.837→26.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数901 0 0 96 997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9241233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.86333
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.837-1.9340.2971260.231167129386
1.934-2.0550.241460.1991257140394
2.055-2.2140.2221410.1771293143497
2.214-2.4370.2271480.181331147997
2.437-2.7890.2561510.1771290144196
2.789-3.5120.241440.181302144697
3.512-26.790.2331440.1851302144695
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.4451 Å / Origin y: 43.0744 Å / Origin z: 8.8555 Å
111213212223313233
T0.2678 Å2-0.0047 Å2-0.0386 Å2-0.1794 Å20.0006 Å2--0.1567 Å2
L3.6891 °2-0.0069 °21.1684 °2-2.0454 °2-0.13 °2--5.624 °2
S0.0296 Å °-0.3332 Å °0.2585 Å °0.3347 Å °-0.2602 Å °-0.1729 Å °0.047 Å °0.3267 Å °0.1835 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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