PDB-3ftq: Crystal structure of Septin 2 in complex with GppNHp and Mg2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ftq

タイトル

Crystal structure of Septin 2 in complex with GppNHp and Mg2+

要素

Septin-2

キーワード

CELL CYCLE / GTP binding / Filament / Cell division / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of L-glutamate import across plasma membrane / sperm annulus / septin complex / actomyosin contractile ring / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / ciliary membrane / smoothened signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Sirajuddin, M. / Wittinghofer, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: GTP-induced conformational changes in septins and implications for function
著者: Sirajuddin, M. / Farkasovsky, M. / Zent, E. / Wittinghofer, A.

履歴

登録	2009年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ftq.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ftq.ent.gz	172.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ftq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ftq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ftq_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3ftq_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	3ftq_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/3ftq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/3ftq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qa5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ron-d 5lt2-4 2f2e-d 4c9q-2 3wrd-1 4omr-d 5ylo-d 6ex9-1 6mqk-4 3x2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Septin-2

B: Septin-2

C: Septin-2

D: Septin-2

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Septin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Septin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Septin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Septin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Septin-2

B: Septin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
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6

C: Septin-2

D: Septin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.980, 118.440, 190.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	SER	SER	A	A	36 - 56	4 - 24
2	1	1	PHE	PHE	SER	SER	B	B	36 - 56	4 - 24
1	2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	97 - 103	65 - 71
2	2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	97 - 103	65 - 71
1	3	1	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	118 - 122	86 - 90
2	3	1	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	118 - 122	86 - 90
1	4	1	ASN	ASN	HIS	HIS	A	A	144 - 158	112 - 126
2	4	1	ASN	ASN	HIS	HIS	B	B	144 - 158	112 - 126
1	5	1	VAL	VAL	HIS	HIS	A	A	165 - 172	133 - 140
2	5	1	VAL	VAL	HIS	HIS	B	B	165 - 172	133 - 140
1	6	1	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	175 - 210	143 - 178
2	6	1	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	175 - 210	143 - 178
1	7	1	PHE	PHE	SER	SER	A	A	237 - 242	205 - 210
2	7	1	PHE	PHE	SER	SER	B	B	237 - 242	205 - 210
1	8	1	ARG	ARG	PHE	PHE	A	A	254 - 273	222 - 241
2	8	1	ARG	ARG	PHE	PHE	B	B	254 - 273	222 - 241
1	9	1	THR	THR	TYR	TYR	A	A	278 - 296	246 - 264
2	9	1	THR	THR	TYR	TYR	B	B	278 - 296	246 - 264
1	1	2	MET	MET	SER	SER	A	A	41 - 46	9 - 14
2	1	2	MET	MET	SER	SER	C	C	41 - 46	9 - 14
1	2	2	VAL	VAL	TYR	TYR	A	A	99 - 105	67 - 73
2	2	2	VAL	VAL	TYR	TYR	C	C	99 - 105	67 - 73
1	3	2	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	115 - 121	83 - 89
2	3	2	PHE	PHE	TYR	TYR	C	C	115 - 121	83 - 89
1	4	2	ASN	ASN	SER	SER	A	A	144 - 154	112 - 122
2	4	2	ASN	ASN	SER	SER	C	C	144 - 154	112 - 122
1	5	2	ASP	ASP	TYR	TYR	A	A	164 - 211	132 - 179
2	5	2	ASP	ASP	TYR	TYR	C	C	164 - 211	132 - 179
1	6	2	PHE	PHE	SER	SER	A	A	237 - 242	205 - 210
2	6	2	PHE	PHE	SER	SER	C	C	237 - 242	205 - 210
1	1	3	PHE	PHE	SER	SER	A	A	38 - 51	6 - 19
2	1	3	PHE	PHE	SER	SER	D	D	38 - 51	6 - 19
1	2	3	VAL	VAL	CYS	CYS	A	A	99 - 111	67 - 79
2	2	3	VAL	VAL	CYS	CYS	D	D	99 - 111	67 - 79
1	3	3	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	122 - 126	90 - 94
2	3	3	ILE	ILE	PHE	PHE	D	D	122 - 126	90 - 94
1	4	3	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	146 - 153	114 - 121
2	4	3	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	146 - 153	114 - 121
1	5	3	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	163 - 169	131 - 137
2	5	3	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	163 - 169	131 - 137
1	6	3	ASN	ASN	THR	THR	A	A	176 - 186	144 - 154
2	6	3	ASN	ASN	THR	THR	D	D	176 - 186	144 - 154
1	7	3	ILE	ILE	HIS	HIS	A	A	208 - 212	176 - 180
2	7	3	ILE	ILE	HIS	HIS	D	D	208 - 212	176 - 180
1	8	3	VAL	VAL	SER	SER	A	A	239 - 242	207 - 210
2	8	3	VAL	VAL	SER	SER	D	D	239 - 242	207 - 210
1	9	3	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	276 - 280	244 - 248
2	9	3	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	276 - 280	244 - 248
1	10	3	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	287 - 290	255 - 258
2	10	3	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	287 - 290	255 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Septin-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 5 / NEDD-5 分子量: 31748.412 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 33-306 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sept2, Nedd-5, Nedd5 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42208
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER 分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2M Potassium Acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97906 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97906 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 33762 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.061
反射シェル	解像度: 2.9→2.974 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 4.81 / Num. unique all: 3240 / R_sym value: 0.371

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QA5

2qa5

解像度: 2.9→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 33.538 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1689	5 %	RANDOM
R_work	0.247	-	-	-
obs	0.249	33760	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.55 Å² / B_iso mean: 31.273 Å² / B_iso min: 9.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8147	0	132	103	8382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	8432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.984	11374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.369	5	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.694	23.686	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.871	15	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.266	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.519	1.5	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.921	2	8053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.835	3	3716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.449	4.5	3321

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1098	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	1098	TIGHT THERMAL	1.26	0.5
2	686	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	686	TIGHT THERMAL	1.32	0.5
3	578	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	578	TIGHT THERMAL	1.56	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	120	-
R_work	0.33	2280	-
all	-	2400	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)