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- PDB-3fst: Crystal Structure of Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fst
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase Mutant Phe223Leu at pH 7.4
要素5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM BARREL / FLAVIN / REDUCTASE / Amino-acid biosynthesis / FAD / Flavoprotein / Methionine biosynthesis / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
5,10-methylenetetrahydrofolate reductase / Methylenetetrahydrofolate reductase-like / Methylenetetrahydrofolate reductase / TIM Barrel - #220 / FAD-linked oxidoreductase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / MESO-ERYTHRITOL / 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Functional role for the conformationally mobile phenylalanine 223 in the reaction of methylenetetrahydrofolate reductase from Escherichia coli.
著者: Lee, M.N. / Takawira, D. / Nikolova, A.P. / Ballou, D.P. / Furtado, V.C. / Phung, N.L. / Still, B.R. / Thorstad, M.K. / Tanner, J.J. / Trimmer, E.E.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
C: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
E: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,31210
ポリマ－102,5463
非ポリマー2,7677
水8,215456
1
A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子

A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
C: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
E: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,28012
ポリマ－136,7274
非ポリマー3,5538
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25170 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area61840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.057, 128.157, 98.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-382-

HOH

21C-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase


分子量: 34181.836 Da / 分子数: 3 / 変異: F223L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: metF, b3941, JW3913 / プラスミド: pDTL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEZ1, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium cacodylate buffer pH 5.0- 5.5, 225 mM Li2SO4, 5 % ethanol and 10 - 12 % PEG 4000, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月1日
放射モノクロメーター: beamline 4.2.2 optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→34.95 Å / Num. obs: 129128 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.93 / Scaling rejects: 3658
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.713.670.3632.447641129430.96100
1.71-1.783.740.216448412129480.95100
1.78-1.863.750.1665.348428128920.96100
1.86-1.963.760.1346.448745129490.93100
1.96-2.083.770.0978.548721129060.87100
2.08-2.243.780.07211.649178129820.84100
2.24-2.463.770.0561549077129200.8499.9
2.46-2.823.790.0442049775129450.8899.6
2.82-3.553.790.03724.849828129350.9199.6
3.55-34.953.670.03530.647911127081.297

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.1LDzdata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1zp4

1zp4


解像度: 1.65→32.144 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.842 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 6474 5.02 %
Rwork0.21 --
obs0.211 129047 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.791 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 332.09 Å2 / Biso mean: 34.577 Å2 / Biso min: 12.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6458 0 190 456 7104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1269332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691044
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.5432571
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.7090.286640.241227112935100
1.709-1.7770.266640.2161228312947100
1.777-1.8580.2396340.2051225412888100
1.858-1.9560.266370.2051230912946100
1.956-2.0790.2256490.1931225812907100
2.079-2.2390.2256060.1911237512981100
2.239-2.4640.2126520.1961226612918100
2.464-2.8210.2366760.2071225912935100
2.821-3.5530.2056460.21122681291499
3.553-32.150.2096460.196120301267697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88220.1634-0.49831.3204-0.61721.8161-0.01020.1437-0.0263-0.16660.0788-0.05550.0673-0.0882-0.05290.1624-0.01160.03870.1396-0.01880.144931.7554-20.17921.9953
20.9039-0.2184-0.45640.2333-0.00840.837-0.0428-0.00720.01690.0250.0087-0.01420.0007-0.01280.02880.21350.01930.00680.1388-0.00720.12218.98112.508518.4664
31.43140.80480.05951.5786-0.03141.3159-0.36240.3237-0.1148-0.54560.3023-0.12410.1122-0.06040.04890.4326-0.18920.11430.207-0.01770.081656.57929.167925.6596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain a
2X-RAY DIFFRACTION2chain c
3X-RAY DIFFRACTION3chain e

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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