PDB-3fov: Crystal structure of protein RPA0323 of unknown function from Rho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fov

タイトル

Crystal structure of protein RPA0323 of unknown function from Rhodopseudomonas palustris

要素

UPF0102 protein RPA0323

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC7380 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of protein RPA0323 of unknown function from Rhodopseudomonas palustris.
著者: Osipiuk, J. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fov.cif.gz	38 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fov.ent.gz	25.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fov_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fov_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	3fov_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	3fov_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6m2c-3 1ju5-d 6m2c-2 1op9-d 1ovz-1 4ll9-1 4e6u-d 6rbz-d 5klx-4 2d3v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7380

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0102 protein RPA0323

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
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1

A: UPF0102 protein RPA0323

ヘテロ分子

A: UPF0102 protein RPA0323

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: UPF0102 protein RPA0323

ヘテロ分子

A: UPF0102 protein RPA0323

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.341, 44.747, 32.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.620, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-184- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

#1: タンパク質	UPF0102 protein RPA0323 分子量: 14714.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: CGA009 / 遺伝子: RPA0323 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NCZ4
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.6 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Magnesium nitrate, 0.3 M NSDB-256, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→26.3 Å / Num. all: 8519 / Num. obs: 8519 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.211 / Net I/σ(I): 40.099
反射シェル	解像度: 1.88→1.94 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 492 / Χ²: 1.492 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.88→26.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 8.988 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	407	4.8 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.19	8456	-	-
obs	0.19	8456	98.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.54 Å² / B_iso mean: 23.636 Å² / B_iso min: 12.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	-0.28 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→26.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	798	0	8	88	894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.955	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.518	5	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.327	21.86	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.176	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.598	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.922	1.5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.216	1.5	205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.706	2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.614	3	317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.373	4.5	308

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	29	-
R_work	0.296	548	-
all	-	577	-
obs	-	677	91.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1158	1.9979	1.5098	4.1716	0.8904	2.6357	0.0578	-0.0378	-0.2243	0.0543	0.0297	-0.308	0.0108	0.1364	-0.0874	0.0264	0.0094	-0.0369	0.0331	-0.01	0.0661	17.2783	14.4717	16.7631
2	7.5267	-2.1827	1.6777	3.2113	-1.4589	0.7408	0.0243	-0.0049	-0.3347	-0.0055	0.0371	0.0263	0.0052	-0.0185	-0.0614	0.0359	-0.0165	-0.0006	0.0208	0.0045	0.0562	5.9446	5.364	4.9739
3	6.8171	0.075	-0.1749	4.7403	1.5093	3.5986	-0.0838	0.2534	0.189	-0.0916	0.1556	-0.1807	-0.3472	-0.0735	-0.0717	0.0595	0.0039	-0.0157	0.0198	0.0049	0.0297	11.2088	17.9829	12.5569
4	4.4071	6.433	0.9649	9.9412	1.4346	0.2131	-0.1156	0.0928	0.2456	0.0642	0.0903	0.0821	-0.0216	0.0213	0.0254	0.2203	-0.0144	-0.0215	0.1536	0.0088	0.2236	9.756	22.7656	-0.6856
5	1.9104	-1.0649	0.3747	0.6997	-1.0335	6.5364	-0.0463	0.1457	-0.1902	0.058	-0.07	0.0794	-0.2848	-0.1263	0.1163	0.043	-0.0065	-0.0054	0.0347	0.0039	0.0697	3.2849	11.7617	4.8241
6	2.917	1.623	0.1722	3.1996	-0.4093	2.4389	-0.0227	-0.2543	0.1547	0.0851	0.0681	0.0925	-0.2081	0.0604	-0.0454	0.0445	0.0143	-0.0067	0.0548	-0.0196	0.0165	7.4945	16.4464	13.6814
7	9.5483	0.6034	-1.3246	2.2009	0.1455	4.5211	-0.3098	0.0623	0.461	-0.0046	0.2187	0.3133	-0.2163	-0.3406	0.0912	0.0981	0.0079	-0.0169	0.0532	0.0203	0.0634	9.5421	24.1511	9.2383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	52 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	76 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	82 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	96 - 117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	118 - 130

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