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万見
- PDB-3fo4: Crystal structure of guanine riboswitch C74U mutant bound to 6-ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fo4
タイトルCrystal structure of guanine riboswitch C74U mutant bound to 6-chloroguanine
要素Guanine riboswitch C74U mutant
キーワードRNA / mRNA / riboswitch / 6-chloroguanine / adenine / RNA-ligand complex / double helix / three-way junction
機能・相同性6-chloroguanine / ACETATE ION / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gilbert, S.D. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Adaptive ligand binding by the purine riboswitch in the recognition of Guanine and adenine analogs.
著者: Gilbert, S.D. / Reyes, F.E. / Edwards, A.L. / Batey, R.T.
履歴
登録2008年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine riboswitch C74U mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,99915
ポリマ－21,8371
非ポリマー2,16214
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.600, 35.170, 41.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit contains one biological unit

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要素

#1: RNA鎖 Guanine riboswitch C74U mutant


分子量: 21836.975 Da / 分子数: 1 / 変異: C74U / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was engineered based on the guanine riboswitch found in the 5'UTR of the xpt-pbuX gene in Bacillus subtilis
#2: 化合物 ChemComp-6GU / 6-chloroguanine / 6-chloro-9H-purin-2-amine / 6-クロロ-9H-プリン-2-アミン


分子量: 169.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4ClN5
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 2000, 480 mM Ammonium acetate, 12 mM Cobalt hexammine, 10 mM K+HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 200011
2Ammonium acetate11
3Cobalt hexammine11
4Potassium HEPES11
5PEG 200012
6Ammonium acetate12
7Cobalt hexammine12
8Potassium HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月13日
放射モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 16673 / Num. obs: 15304 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.31 % / Rsym value: 0.201 / % possible all: 69.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
d*TREKデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1U8D

1u8d
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1233811.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1065 7.3 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 14584 94.3 %-
all-14584 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9172 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.95 Å20 Å22.44 Å2
2---2.06 Å20 Å2
3----0.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1336 99 203 1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 163 7 %
Rwork0.315 2156 -
obs--91.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep_revise.paramdna-rna_rep_revise.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4cohex_rep.paramcohex_rep.top
X-RAY DIFFRACTION5acetate.paramacetate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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