PDB-3fo0: Crystal structure of hapten complex of catalytic elimination anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fo0

タイトル

Crystal structure of hapten complex of catalytic elimination antibody 13G5 (wild-type)

要素

Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera
Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CATALYTIC ANTIBODY / CHIMERIC FAB / HAPTEN COMPLEX / ACID BASE CATALYSIS / PROTON TRANSFER / Immunoglobulin domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-BZH

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: An aspartate and a water molecule mediate efficient acid-base catalysis in a tailored antibody pocket.
著者: Debler, E.W. / Muller, R. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2008年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fo0.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fo0.ent.gz	72.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fo0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fo1C 3fo2C 2gjzS 2gk0 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t78-1 1pz5-d 6z3k-9 4gay-2 5t1l-2 7dun-d 1kfa-1 5t78-2 6nv0-1 6ev1-4 6z3k-1 3l7e-2 4yhn-2 6au5-2 6ev1-6 6ugv-2 4yhm-d 5icy-2 4jzo-1 4j1u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera

H: Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.071, 87.001, 59.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: 抗体	Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera 分子量: 24002.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The variable domain (residues 1-107) is from murine source and the constant domain (residues 108-214) is from human source 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体	Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera 分子量: 24296.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The variable domain (residues 1-113) is from murine source and the constant domain (residues 114-235) is from human source 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物	ChemComp-BZH / 5-[(2-AMINO-1H-BENZIMIDAZOL-6-YL)AMINO]-5-OXOPENTANOIC ACID 分子量: 262.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15696 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 36.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.552 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345	CCD	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GJZ

2gjz

解像度: 2.5→32.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 25.291 / SU ML: 0.265 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.856 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27684	800	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2187	-	-	-
obs	0.22163	14790	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.185 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3269	0	25	49	3343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.962	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.786	24.766	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.004	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.128	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.209	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.597	1.5	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.754	2	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.364	3	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.039	4.5	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	61	-
R_work	0.338	1061	-
obs	-	-	98.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3856	1.9969	-0.3534	5.7093	-1.2917	2.6074	-0.023	0.2567	-0.1248	-0.4151	-0.0206	0.037	0.2236	-0.1896	0.0437	-0.1773	0.0406	-0.0053	-0.0998	-0.0424	-0.0239	11.8058	-9.1594	-38.3325
2	2.2339	0.4644	-1.6403	3.0598	0.4378	9.6273	0.3959	-0.2524	-0.1016	0.8945	-0.1255	0.287	-0.3835	-0.8926	-0.2704	0.0148	-0.0812	0.0327	-0.0027	0.069	0.0951	-3.4809	-28.2564	-9.3827
3	2.5494	-0.1687	-2.0244	2.2368	0.3523	3.7595	0.009	0.0009	0.0973	0.2747	-0.0423	-0.2658	-0.1119	-0.0185	0.0333	-0.192	-0.0206	-0.0793	-0.1684	0.0441	0.0514	19.4013	2.5717	-21.9344
4	2.6533	-4.0583	-1.4807	9.7522	2.0771	2.6618	-0.0859	-0.2531	-0.1249	0.9368	0.0798	-0.4387	0.1148	0.2555	0.0061	0.1273	-0.0812	-0.0988	-0.0361	0.0027	-0.083	11.5195	-21.6428	-5.177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	108 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	114 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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