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Yorodumi- PDB-3fo2: Crystal structure of hapten complex of catalytic elimination anti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fo2 | ||||||
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Title | Crystal structure of hapten complex of catalytic elimination antibody 13G5 (Glu(L39)Gln mutant) | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CATALYTIC ANTIBODY / CHIMERIC FAB / HAPTEN COMPLEX / ACID BASE CATALYSIS / PROTON TRANSFER / Immunoglobulin domain | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-BZH Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.18 Å | ||||||
Authors | Debler, E.W. / Wilson, I.A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: An aspartate and a water molecule mediate efficient acid-base catalysis in a tailored antibody pocket. Authors: Debler, E.W. / Muller, R. / Hilvert, D. / Wilson, I.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fo2.cif.gz | 176.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fo2.ent.gz | 139.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fo2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3fo0C 3fo1C 2gjzS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24001.811 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E39Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The variable domain (residues 1-107) is from murine source and the constant domain (residues 108-214) is from human source Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens / Plasmid: p4xH-M13 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOPP2 #2: Antibody | Mass: 24296.205 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The variable domain (residues 1-113) is from murine source and the constant domain (residues 114-235) is from human source Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens / Plasmid: p4xH-M13 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOPP2 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2006 / Details: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.18→50 Å / Num. obs: 39309 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.18→2.25 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.613 / % possible all: 87.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2GJZ Resolution: 2.18→31.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 14.166 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.248 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.444 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→31.27 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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