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- PDB-3flp: Crystal structure of native heptameric SAP-like pentraxin from Li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3flp
タイトルCrystal structure of native heptameric SAP-like pentraxin from Limulus polyphemus
要素SAP-like pentraxin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / physiological doubly-stacked heptamer / pentraxin fold / cyclic heptamer / invertebrate lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentraxin family member
類似検索 - 構成要素
生物種Limulus polyphemus (カブトガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Greenhough, T.J. / Armstrong, P.B.
引用
ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of Limulus SAP-like pentraxin reveal two molecular aggregations.
著者: Annette K Shrive / Ian Burns / Hui-Ting Chou / Henning Stahlberg / Peter B Armstrong / Trevor J Greenhough /
要旨: The serum-amyloid-P-component-like pentraxin from Limulus polyphemus, a recently discovered pentraxin species and important effector protein of the hemolymph immune system, displays two distinct ...The serum-amyloid-P-component-like pentraxin from Limulus polyphemus, a recently discovered pentraxin species and important effector protein of the hemolymph immune system, displays two distinct doubly stacked cyclic molecular aggregations, heptameric and octameric. The refined three-dimensional structures determined by X-ray crystallography, both based on the same cDNA sequence, show that each aggregate is constructed from a similar dimer of protomers, which is repeated to make up the ring structure. The native octameric form has been refined at a resolution of 3 A, the native heptameric form at 2.3 A, and the phosphoethanolamine (PE)-bound octameric form at 2.7 A. The existence of the hitherto undescribed heptameric form was confirmed by single-particle analysis using cryo-electron microscopy. In the native structures, the calcium-binding site is similar to that in human pentraxins, with two calcium ions bound in each subunit. Upon binding PE, however, each subunit binds a third calcium ion, with all three calcium ions contributing to the binding and orientation of the bound phosphate group within the ligand-binding pocket. While the phosphate is well-defined in the electron density, the ethanolamine group is poorly defined, suggesting structural and binding variabilities of this group. Although sequence homology with human serum amyloid P component is relatively low, structural homology is high, with very similar overall folds and a common affinity for PE. This is due, in part, to a "topological" equivalence of side-chain position. Identical side chains that are important in both function and fold, from different regions of the sequence in human and Limulus structures, occupy similar space within the overall subunit fold. Sequence and structure alignment, based on the refined three-dimensional structures presented here and the known horseshoe crab pentraxin sequences, suggest that adaptation and refinement of C-reactive-protein-mediated immune responses in these ancient creatures lacking antibody-based immunity are based on adaptation by gene duplication.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: C-reactive protein and SAP-like pentraxin are both present in Limulus polyphemus haemolymph: Crystal structure of Limulus SAP
著者: Shrive, A.K. / Metcalfe, A.M. / Cartwright, J.R. / Greenhough, T.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Complete cDNA sequence of SAP-like pentraxin from Limulus polyphemus: Implications for pentraxin evolution
著者: Tharia, H.A. / Shrive, A.K. / Mills, J.D. / Arme, C. / Williams, G.T. / Greenhough, T.J.
履歴
登録2008年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAP-like pentraxin
B: SAP-like pentraxin
C: SAP-like pentraxin
D: SAP-like pentraxin
E: SAP-like pentraxin
F: SAP-like pentraxin
G: SAP-like pentraxin
H: SAP-like pentraxin
I: SAP-like pentraxin
J: SAP-like pentraxin
K: SAP-like pentraxin
L: SAP-like pentraxin
M: SAP-like pentraxin
N: SAP-like pentraxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,44542
ポリマ－333,32314
非ポリマー1,12228
水15,871881
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35670 Å2
ΔGint-439 kcal/mol
Surface area94140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.320, 167.560, 140.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N, using restrain)
詳細The biological unit is the doubly-stacked heptamer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
SAP-like pentraxin


分子量: 23808.756 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Haemolymph / 由来: (天然) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 参照: UniProt: Q8WQK3
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 6000, CaCl2, MES, pH 7.4, sitting drop, temperature 298.0K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.27 Å / Num. all: 180419 / Num. obs: 180419 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 5.435
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured all: 54093 / Num. unique all: 27379 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 93.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.4データスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Dimer created from A subunit of native octameric Limulus SAP

解像度: 2.3→45.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood refinement on F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 9112 4.5 %Random
Rwork0.201 ---
all0.219 180238 --
obs0.219 180238 89.4 %-
溶媒の処理Bsol: 17.258 Å2
原子変位パラメータBiso max: 42.04 Å2 / Biso mean: 14.165 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.867 Å20 Å20.081 Å2
2--0.583 Å20 Å2
3---0.284 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23352 0 28 881 24261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9072
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6052.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプWeight
11BX-RAY DIFFRACTION0.02restrain300
11CX-RAY DIFFRACTION0.019restrain300
11DX-RAY DIFFRACTION0.021restrain300
11EX-RAY DIFFRACTION0.018restrain300
11FX-RAY DIFFRACTION0.019restrain300
11GX-RAY DIFFRACTION0.021restrain300
11HX-RAY DIFFRACTION0.02restrain300
11IX-RAY DIFFRACTION0.019restrain300
11JX-RAY DIFFRACTION0.018restrain300
11KX-RAY DIFFRACTION0.02restrain300
11LX-RAY DIFFRACTION0.019restrain300
11MX-RAY DIFFRACTION0.02restrain300
11NX-RAY DIFFRACTION0.022restrain300
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2623 978
Rwork0.2266 -
obs-18715
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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