[日本語] English
万見
- PDB-3flk: Crystal Structure of Tartrate Dehydrogenase from Pseudomonas puti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3flk
タイトルCrystal Structure of Tartrate Dehydrogenase from Pseudomonas putida in complex with NADH, oxalate and metal ion
要素Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lyase / Magnesium / Manganese / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


D-malate dehydrogenase (decarboxylating) / tartrate dehydrogenase / tartrate decarboxylase / tartrate dehydrogenase activity / D-malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / tartrate decarboxylase activity / NAD binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tartrate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / AMMONIUM ION / OXALATE ION / Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malik, R. / Viola, R.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of tartrate dehydrogenase: a versatile enzyme catalyzing multiple reactions.
著者: Malik, R. / Viola, R.E.
履歴
登録2008年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
B: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
C: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
D: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,12237
ポリマ－164,1314
非ポリマー4,99133
水16,556919
1
A: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
B: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,48418
ポリマ－82,0662
非ポリマー2,41816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
C: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
D: Tartrate dehydrogenase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,63819
ポリマ－82,0662
非ポリマー2,57317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area25020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.278, 117.278, 291.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tartrate dehydrogenase/decarboxylase / TDH / D-malate dehydrogenase


分子量: 41032.758 Da / 分子数: 4 / 変異: G79D, V243 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: ATCC 17642 / プラスミド: pet-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q51945, tartrate dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 952分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#5: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium acetate, 0.02 M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→109.11 Å / Num. obs: 126431 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.2 % / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.97 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.441 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22692 6868 5 %RANDOM
Rwork0.20764 ---
obs0.20862 126431 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11248 0 302 919 12469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0251.97716064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.12451432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82423.768552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.481151864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.481584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.25821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.28011
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0860.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1230.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0840.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4591.57384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.681211459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.97135100
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4984.54605
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 432 -
Rwork0.246 8439 -
obs--88.25 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る