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万見
- PDB-3wzy: S266A mutant 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella onei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wzy
タイトルS266A mutant 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella oneidensis MR-1 at 580MPa - complex with IPM and Mg
要素3-isopropylmalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / HIGH-PRESSURE / DIAMOND-ANVIL CELL / DAC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ISOPROPYLMALIC ACID / 3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Nagae, T. / Watanabe, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Pressure Adaptation of 3-Isopropylmalate Dehydrogenase from the Extremely Piezophilic Bacterium Shewanella benthica is Attributed to just One Amino Acid Substitution
著者: Hamajima, Y. / Nagae, T. / Watanabe, N. / Kato-Yamada, Y. / Imai, T. / Kato, C.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8743
ポリマ－40,6731
非ポリマー2002
水5,909328
1
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7486
ポリマ－81,3472
非ポリマー4014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area6410 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.314, 57.417, 75.362
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

21A-527-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-IPM-DH / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH


分子量: 40673.305 Da / 分子数: 1 / 変異: S266A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
遺伝子: leuB, SO_4235 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codonplus(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q8E9N3, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-IPM / 3-ISOPROPYLMALIC ACID / (2R,3S)-3-イソプロピル-D-リンゴ酸


分子量: 176.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % / Mosaicity: 0.171 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, NaCl, Na-HEPES, IPM, MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.75 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 55786 / Num. obs: 50565 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 2.177 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.582.20.53525520.3720.6581.54592.5
1.58-1.612.50.52325820.3450.6341.87592.9
1.61-1.642.60.4826500.3050.5751.84593.7
1.64-1.672.60.4125600.2620.4921.81193.8
1.67-1.712.60.34125740.2180.4091.83293.9
1.71-1.752.60.3126220.1990.3722.03994
1.75-1.792.60.27626650.180.3332.07894.4
1.79-1.842.60.20625820.1340.2491.96193.7
1.84-1.892.60.16625960.1090.2012.05993.1
1.89-1.952.70.13725330.0890.1662.24291.9
1.95-2.022.60.13225380.0860.1592.94290.7
2.02-2.12.60.11224460.0750.1372.83787.9
2.1-2.22.70.07624850.050.0922.31190.1
2.2-2.322.70.06824840.0450.0822.26289.2
2.32-2.462.70.05725000.0370.0692.15989
2.46-2.652.80.0524720.0320.062.16788.6
2.65-2.922.80.04424850.0280.0532.27688.5
2.92-3.342.80.03924430.0250.0472.46787
3.34-4.212.90.03524230.0220.0422.42886
4.21-502.90.03323730.0220.042.22882.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SERGUI(unified graphical user interface)データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VMJ

3vmj


解像度: 1.55→36.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2117 / WRfactor Rwork: 0.1755 / FOM work R set: 0.8059 / SU B: 1.84 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.0891 / SU Rfree: 0.0919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 2587 5.1 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.187 50565 90.5 %-
all-55786 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.22 Å2 / Biso mean: 20.779 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20.19 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→36.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 13 328 3099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2011.9813813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98936304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0165365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26623.659123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99915488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1761.7751457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1741.7741456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2262.6611820
LS精密化 シェル解像度: 1.548→1.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 198 -
Rwork0.294 3535 -
all-3733 -
obs--90.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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