PDB-3ffv: Crystal Structure Analysis of Syd

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ffv

タイトル

Crystal Structure Analysis of Syd

要素

Protein syd

キーワード

PROTEIN BINDING / Membrane / Translocon / SecYEG / Syd / Nanodisc / Cell inner membrane / Cell membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein-containing complex assembly / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Maurus, R. / Brayer, G.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure, Binding, and Activity of Syd, a SecY-interacting Protein
著者: Dalal, K. / Nguyen, N. / Alami, M. / Tan, J. / Moraes, T.F. / Lee, W.C. / Maurus, R. / Sligar, S.S. / Brayer, G.D. / Duong, F.

履歴

登録	2008年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ffv.cif.gz	95.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ffv.ent.gz	72.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ffv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3t1v-4 5zqe-4 5hkc-d 4avl-2 5nlt-6 1irm-2 3t1v-1 5jkb-3 4mzm-2 1k4k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein syd

B: Protein syd

41.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein syd

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein syd

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.600, 167.600, 41.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Protein syd 分子量: 20729.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A8U0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: 0.8-1.0 M sodium citrate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9788

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 MM CCD MARMOSAIC 325 MM CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月9日
詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING); SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HO RIZONTAL FOCUSING); FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING); SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL; ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS; SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL; ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2				x-ray	1

放射波長

波長: 0.9788 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29401 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.068

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SOLVE		位相決定
CNS	1.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→41.9 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1442	-	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.182	29401	99.8 %	-
all	-	29447	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2920	0	0	510	3430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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