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万見
- PDB-3ffv: Crystal Structure Analysis of Syd -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffv
タイトルCrystal Structure Analysis of Syd
要素Protein syd
キーワードPROTEIN BINDING / Membrane / Translocon / SecYEG / Syd / Nanodisc / Cell inner membrane / Cell membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein-containing complex assembly / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Syd protein / Syd / Syd superfamily / Syd protein (SUKH-2) / SMI1/KNR4-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Maurus, R. / Brayer, G.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure, Binding, and Activity of Syd, a SecY-interacting Protein
著者: Dalal, K. / Nguyen, N. / Alami, M. / Tan, J. / Moraes, T.F. / Lee, W.C. / Maurus, R. / Sligar, S.S. / Brayer, G.D. / Duong, F.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein syd
B: Protein syd


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4592
ポリマ－41,4592
非ポリマー00
水9,188510
1
A: Protein syd


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7291
ポリマ－20,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein syd


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7291
ポリマ－20,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.600, 167.600, 41.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Protein syd


分子量: 20729.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A8U0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 0.8-1.0 M sodium citrate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9788
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 MM CCD MARMOSAIC 325 MM CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月9日
詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING); SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HO RIZONTAL FOCUSING); FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING); SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL; ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS; SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL; ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29401 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41.9 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1442 -RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 29401 99.8 %-
all-29447 --
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2920 0 0 510 3430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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