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万見
- PDB-3ffm: The crystal structure of human Gadd45g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffm
タイトルThe crystal structure of human Gadd45g
要素Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 gamma
キーワードCELL CYCLE / beta-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell differentiation / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, W.Z. / Fu, S. / Zeng, Z.H. / Rao, Z.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human Gadd45g
著者: Zhang, W.Z. / Fu, S. / Zeng, Z.H. / Rao, Z.H.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32025年5月28日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9191
ポリマ－17,9191
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 gamma

A: Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8382
ポリマ－35,8382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_545-x,-y-1/2,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.413, 126.413, 126.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-161-

HOH

詳細2

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要素

#1: タンパク質 Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 gamma / Cytokine-responsive protein CR6 / DNA-damage-inducible transcript 2 / DDIT-2


分子量: 17919.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CR6, DDIT2, GADD45G / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95257
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.773.81
2
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Nacl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
22
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9803
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年11月1日
MAR CCD 165 mm2CCD2007年7月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.98031
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 15266 / Num. obs: 13290 / 冗長度: 10.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.98 Å / SU R Cruickshank DPI: 25.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 1314 8.6 %RANDOM
Rwork0.2331 ---
all-15266 --
obs-13290 87.1 %-
溶媒の処理Bsol: 75.395 Å2
原子変位パラメータBiso max: 167.64 Å2 / Biso mean: 70.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1088 0 0 68 1156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.122
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.32 Å / Total num. of bins used: 30
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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