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- PDB-1o6j: Tryparedoxin II from C.fasciculata solved by sulphur phasing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o6j
タイトルTryparedoxin II from C.fasciculata solved by sulphur phasing
要素TRYPAREDOXIN II
キーワードELECTRON TRANSPORT / TRYPAREDOXIN II / SULPHUR PHASING / SAD / S-SAD
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / nucleus
類似検索 - 分子機能
TryX and NRX, thioredoxin domain / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CRITHIDIA FASCICULATA (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Leonard, G.A. / Micossi, E. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: De Novo Phasing of Two Crystal Forms of Tryparedoxin II Using the Anomalous Scattering from S Atoms: A Combination of Small Signal and Medium Resolution Reveals This to be a General ...タイトル: De Novo Phasing of Two Crystal Forms of Tryparedoxin II Using the Anomalous Scattering from S Atoms: A Combination of Small Signal and Medium Resolution Reveals This to be a General Tool for Solving Protein Crystal Structures
著者: Micossi, E. / Hunter, W.N. / Leonard, G.A.
履歴
登録2002年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPAREDOXIN II
B: TRYPAREDOXIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8572
ポリマ－33,8572
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.200, 114.200, 102.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2009-

HOH

21A-2030-

HOH

31A-2047-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.769, 0.404, -0.495), (-0.639, 0.474, -0.605), (-0.01, 0.782, 0.623)
ベクター: 38.135, -27.456, 36.293)

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要素

#1: タンパク質 TRYPAREDOXIN II


分子量: 16928.457 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 16-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CRITHIDIA FASCICULATA (真核生物) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O77093
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONSTRUCT STARTS AT RESIDUE 16

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.4 Msodium citrate1reservoir
2100 mMsodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.77
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 28025 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 35567 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 531442 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.76 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 9.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.35→30 Å / SU B: 6.529 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: CNS USED IN INITIAL STAGES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1414 5.1 %RANDOM
Rwork0.20083 ---
obs0.20155 26560 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å20 Å20 Å2
2---2.08 Å20 Å2
3---4.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 0 110 2453
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.351 Å / 最低解像度: 2.412 Å / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.256 / Num. reflection Rwork: 126 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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