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万見
- PDB-3fer: Crystal structure of n-terminal actin-binding domain from human f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fer
タイトルCrystal structure of n-terminal actin-binding domain from human filamin b (tandem ch-domains). northeast structural genomics consortium target hr5571a.
要素Filamin-B
キーワードactin binding protein / X-RAY NESG HR5571A ACTIN-BINDING DOMAIN / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / ACTIN-BINDING / ALTERNATIVE SPLICING / CYTOPLASM / CYTOSKELETON / DEVELOPMENTAL PROTEIN / DIFFERENTIATION / DISEASE MUTATION / DWARFISM / MYOGENESIS / PHOSPHOPROTEIN / POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell morphogenesis / keratinocyte development / brush border / stress fiber / skeletal muscle tissue development / phagocytic vesicle / ISG15 antiviral mechanism / Z disc / cellular response to type II interferon / actin filament binding ...epithelial cell morphogenesis / keratinocyte development / brush border / stress fiber / skeletal muscle tissue development / phagocytic vesicle / ISG15 antiviral mechanism / Z disc / cellular response to type II interferon / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / actin cytoskeleton organization / cadherin binding / focal adhesion / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Calponin-like domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. ...Filamin family / Calponin-like domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Filamin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, R. / Shastry, R. / Sahdev, S. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Huang, Y. / Acton, T. ...Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, R. / Shastry, R. / Sahdev, S. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Huang, Y. / Acton, T. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of n-terminal actin-binding domain from human filamin b (tandem ch-domains). northeast structural genomics consortium target hr5571a.
著者: Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, R. / Shastry, R. / Sahdev, S. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Huang, Y. / Acton, T. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamin-B
B: Filamin-B
C: Filamin-B
D: Filamin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2806
ポリマ－122,1604
非ポリマー1202
水2,756153
1
A: Filamin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5401
ポリマ－30,5401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Filamin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6002
ポリマ－30,5401
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Filamin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6002
ポリマ－30,5401
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Filamin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5401
ポリマ－30,5401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.847, 82.410, 132.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細monomer

-
要素

#1: タンパク質
Filamin-B / FLN-B / Beta-filamin / Actin-binding-like protein / Thyroid autoantigen / Truncated actin-binding ...FLN-B / Beta-filamin / Actin-binding-like protein / Thyroid autoantigen / Truncated actin-binding protein / Truncated ABP / ABP-280 homolog / ABP-278 / Filamin 3 / Filamin homolog 1 / Fh1


分子量: 30539.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLNB, FLN1L, FLN3, TABP, TAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75369
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 18% PEG 3350, 0.1M SODIUM CHLORIDE, PH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 86206 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WKU

1wku


解像度: 2.4→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 107293.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3374 4.9 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 69145 72 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.6487 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å27.29 Å2
2---9.9 Å20 Å2
3---10.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7531 0 0 161 7692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 368 4.8 %
Rwork0.276 7220 -
obs--47.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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