PDB-3f8w: Crystal structure of Schistosoma mansoni purine nucleoside phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f8w

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni purine nucleoside phosphorylase in complex with adenosine

要素

Purine-nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase / Schistosoma / adenosine / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pereira, H.M. / Rezende, M.M. / Garratt, R.C. / Oliva, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Adenosine binding to low-molecular-weight purine nucleoside phosphorylase: the structural basis for recognition based on its complex with the enzyme from Schistosoma mansoni.
著者: Pereira, H.M. / Rezende, M.M. / Castilho, M.S. / Oliva, G. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2008年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f8w.cif.gz	344.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f8w.ent.gz	282.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f8w_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f8w_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3f8w_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	3f8w_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e9rC 3fazC 3fnqC 1td1S 1tcu 1tcv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tcu-d 3e0q-d 5ugf-2 3odg-1 5tbv-1 6bj7-1 6bi1-1 1a9r-1 5ugf-1 4ece-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine-nucleoside phosphorylase

B: Purine-nucleoside phosphorylase

C: Purine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

94.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.715, 121.273, 133.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 4:61 or resseq 68:286)
2	1	chain B and (resseq 4:61 or resseq 68:286)
3	1	chain C and (resseq 4:61 or resseq 68:286)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	A	A	4 - 61	4 - 61
1	2	1	A	A	68 - 286	68 - 286
2	1	1	B	B	4 - 61	4 - 61
2	2	1	B	B	68 - 286	68 - 286
3	1	1	C	C	4 - 61	4 - 61
3	2	1	C	C	68 - 286	68 - 286

#1: タンパク質	Purine-nucleoside phosphorylase 分子量: 31197.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: SmPNP / プラスミド: pMAL-C2G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 18-20% PEG 1500, 20% Glycerol, 32mM Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K PH範囲: 4.9-5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→46.93 Å / Num. obs: 37280 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.128 / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 4.522

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	13.2	0.572	1.3	70600	5346	0.572	100
2.42-2.57	13.2	0.433	1.7	67198	5072	0.433	100
2.57-2.75	13.2	0.313	2.4	63179	4771	0.313	100
2.75-2.97	13.3	0.217	3.3	59414	4478	0.217	100
2.97-3.25	13.3	0.164	4.2	54601	4098	0.164	100
3.25-3.64	13.3	0.114	5.8	50096	3760	0.114	100
3.64-4.2	13.3	0.091	6.5	44584	3356	0.091	100
4.2-5.14	13.2	0.08	7.4	37305	2821	0.08	100
5.14-7.27	13	0.08	7.6	29299	2256	0.08	100
7.27-46.93	11.8	0.065	8.5	15664	1322	0.065	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TD1

1td1

解像度: 2.3→46.009 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	1763	4.97 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.176	35488	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.265 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.05 Å² / B_iso mean: 42.729 Å² / B_iso min: 8.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.013 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.181 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.832 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.009 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6385	0	84	334	6803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	6582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.547	8926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.95	2421

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2088	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2088	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
1	3	C	2075	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.362	0.207	126	0.178	2464	2590	93
2.362-2.432	0.248	128	0.186	2393	2521	92
2.432-2.51	0.217	122	0.194	2468	2590	93
2.51-2.6	0.255	122	0.188	2546	2668	95
2.6-2.704	0.244	139	0.185	2518	2657	96
2.704-2.827	0.23	129	0.181	2566	2695	97
2.827-2.976	0.215	141	0.176	2596	2737	98
2.976-3.162	0.226	139	0.179	2630	2769	99
3.162-3.407	0.184	127	0.173	2634	2761	99
3.407-3.749	0.191	146	0.159	2668	2814	99
3.749-4.291	0.171	131	0.149	2698	2829	100
4.291-5.405	0.172	159	0.15	2715	2874	100
5.405-46.009	0.212	154	0.188	2829	2983	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0528	0.2017	0.3614	1.2636	0.1101	0.6149	0.0352	0.1264	0.1618	-0.3822	-0.0857	-0.1708	-0.187	-0.0555	0.0365	0.2246	0.0205	0.016	0.1051	0.0464	0.1904	18.2348	37.8982	15.141
2	0.9541	-0.1999	-0.2926	1.0918	0.3063	1.1665	-0.0179	0.018	-0.0241	0.008	-0.0306	-0.0804	0.3826	0.0156	0.0868	0.169	0.015	0.0351	0.0901	-0.0038	0.0883	22.7719	1.1567	18.3113
3	0.9827	-0.4944	-0.1405	1.4507	0.1416	1.2855	-0.0838	-0.0799	0.117	0.3732	0.09	-0.1283	-0.0766	-0.0135	0.0271	0.1763	0.0169	-0.0579	0.1387	-0.0409	0.1223	18.7202	22.1377	48.7712
4	0.314	-0.0622	0.0845	0.619	-0.0468	0.6578	-0.0208	0.0367	0.0456	0.0063	-0.0026	-0.0738	-0.0051	-0.0254	0.012	0.117	-0.0169	-0.0026	0.1975	-0.0017	0.2039	17.6627	19.4724	26.379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain S

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